| Автор | Buch, Jesse S. |
| Автор | Rosenberger, Frederick |
| Автор | Highsmith, Jr., W. Edward |
| Автор | Kimball, Christopher |
| Автор | DeVoe, Don L. |
| Автор | Lee, Cheng S. |
| Дата выпуска | 2005 |
| dc.description | An integrated two-dimensional (2-D) DNA separation platform, combining standard gel electrophoresis with temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) on a polymer microfluidic chip, is reported. Rather than sequentially sampling DNA fragments eluted from standard gel electrophoresis, size-resolved fragments are simultaneously electrokinetically transferred into an array of orthogonal microchannels and screened for the presence of sequence heterogeneity by TGGE in a parallel and high throughput format. A bulk heater assembly is designed and employed to externally generate a temporal temperature gradient along an array of TGGE channels. Extensive finite element modeling is performed to determine the optimal geometries of the microfluidic network for minimizing analyte band dispersion caused by interconnected channels in the network. A pH-mediated on-chip analyte stacking strategy is employed prior to the parallel TGGE separations to further reduce additional band broadening acquired during the electrokinetic transfer of DNA fragments between the first and second separation dimensions. A comprehensive 2-D DNA separation is completed in less than 5 min for positive detection of single-nucleotide polymorphisms in multiplex PCR products that vary in size and sequence. |
| Формат | application.pdf |
| Издатель | Royal Society of Chemistry |
| Название | Denaturing gradient-based two-dimensional gene mutation scanning in a polymer microfluidic network |
| Тип | research-article |
| DOI | 10.1039/b416682e |
| Electronic ISSN | 1473-0189 |
| Print ISSN | 1473-0197 |
| Журнал | Lab on a Chip |
| Том | 5 |
| Первая страница | 392 |
| Последняя страница | 400 |
| Аффилиация | Buch Jesse S.; Department of Chemistry and Biochemistry, University of Maryland |
| Аффилиация | Rosenberger Frederick; Calibrant Biosystems |
| Аффилиация | Highsmith, Jr. W. Edward; Molecular Genetics Laboratory |
| Аффилиация | Kimball Christopher; Department of Mechanical Engineering and Institute for System Research, University of Maryland |
| Аффилиация | DeVoe Don L.; Calibrant Biosystems; Department of Mechanical Engineering and Institute for System Research, University of Maryland |
| Аффилиация | Lee Cheng S.; Department of Chemistry and Biochemistry, University of Maryland; Calibrant Biosystems |
| Выпуск | 4 |
| Библиографическая ссылка | Meyer, Curr. Opin. Chem. Biol., 2002, 6, 434 |
| Библиографическая ссылка | Johnson, Trends Mol. Med., 2002, 8, 300 |
| Библиографическая ссылка | Paegel, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 574 |
| Библиографическая ссылка | Cutler, Genome Res., 2001, 11, 1913 |
| Библиографическая ссылка | Alper, Science, 1998, 279, 2044 |
| Библиографическая ссылка | Stoerker, Nature Biotech., 2000, 18, 1213 |
| Библиографическая ссылка | Mein, Genome Res., 2000, 10, 330 |
| Библиографическая ссылка | Tyagi, Nature Biotech., 1998, 16, 49 |
| Библиографическая ссылка | Schafer, Nature Biotech., 1998, 16, 33 |
| Библиографическая ссылка | Livak, Genet. Anal., 1999, 14, 143 |
| Библиографическая ссылка | Shumaker, Hum. Mutat., 1996, 7, 346 |
| Библиографическая ссылка | Pastinen, Genome Res., 1997, 7, 606 |
| Библиографическая ссылка | Wang, Science, 1998, 280, 1077 |
| Библиографическая ссылка | Nataraj, Electrophoresis, 1999, 20, 1177 |
| Библиографическая ссылка | Highsmith, Electrophoresis, 1999, 20, 1186 |
| Библиографическая ссылка | Tian, Genome Res., 2000, 10, 1403 |
| Библиографическая ссылка | Thomas, Clin. Chem., 2001, 47, 1195 |
| Библиографическая ссылка | Kourkine, Anal. Chem., 2002, 74, 2565 |
| Библиографическая ссылка | Hebenbrock, Electrophoresis, 1995, 16, 1429 |
| Библиографическая ссылка | Tian, Genomics, 2000, 63, 25 |
| Библиографическая ссылка | Gelfi, Electrophoresis, 1997, 18, 2921 |
| Библиографическая ссылка | Schell, Electrophoresis, 1999, 20, 2864 |
| Библиографическая ссылка | Gao, Anal. Chem., 2000, 72, 2499 |
| Библиографическая ссылка | Zhu, Electrophoresis, 2001, 22, 3683 |
| Библиографическая ссылка | Ellis, Hum. Mutat., 2000, 15, 556 |
| Библиографическая ссылка | Holinski-Feder, J. Biochem. Biophys. Methods, 2001, 47, 21 |
| Библиографическая ссылка | Barker, Hum. Mut., 2000, 16, 334 |
| Библиографическая ссылка | Fischer, Cell, 1979, 16, 191 |
| Библиографическая ссылка | Eng, Nature Biotech., 1997, 15, 422 |
| Библиографическая ссылка | van Orsouw, Genomics, 1998, 52, 27 |
| Библиографическая ссылка | van Orsouw, Nucleic Acids Res., 1998, 10, 2398 |
| Библиографическая ссылка | Vijg, Electrophoresis, 1999, 20, 1239 |
| Библиографическая ссылка | Bounpheng, J. Med. Genet., 2003, 40, e33 |
| Библиографическая ссылка | Rocklin, Anal. Chem., 2000, 72, 5244 |
| Библиографическая ссылка | Gottschlich, Anal. Chem., 2001, 73, 2669 |
| Библиографическая ссылка | Chen, Anal. Chem., 2002, 74, 1772 |
| Библиографическая ссылка | Herr, Anal. Chem., 2003, 75, 1180 |
| Библиографическая ссылка | Ramsey, Anal. Chem., 2003, 75, 3758 |
| Библиографическая ссылка | Li, Anal. Chem., 2004, 76, 742 |
| Библиографическая ссылка | Wang, Anal. Chem., 2004, 76, 4426 |
| Библиографическая ссылка | Xiong, Anal. Chem., 1998, 70, 3605 |
| Библиографическая ссылка | Buch, Anal. Chem., 2004, 76, 874 |
| Библиографическая ссылка | Nkodo, Electrophoresis, 2002, 23, 2755 |
| Библиографическая ссылка | Gao, Anal. Chem., 1998, 70, 1382 |
| Библиографическая ссылка | Ermakov, Anal. Chem., 2000, 72, 3512 |
| Библиографическая ссылка | Fu, Anal. Chem., 2002, 74, 5084 |
| Библиографическая ссылка | Fu, Anal. Chem., 2003, 75, 5790 |
| Библиографическая ссылка | Soper, Anal. Chem., 2000, 72, 643A |
| Библиографическая ссылка | Jacobson, Anal. Chem., 1999, 71, 3273 |
| Библиографическая ссылка | Gerry, Mol. Biol., 1999, 292, 251 |
