| Автор | Hummer, Gerhard |
| Автор | García, Angel E. |
| Автор | Soumpasis, D. Mario |
| Дата выпуска | 1996 |
| dc.description | An efficient and accurate theoretical description of the structural hydration of biological macromolecules is presented. The hydration of molecules of almost arbitrary size (tRNA, antibodyâ antigen complexes, photosynthetic reaction centre) can be studied in solution and in the crystalline environment. The biomolecular structure obtained from X-ray crystallography, NMR or modelling is required as input information. The structural arrangement of water molecules near a biomolecular surface is represented by the local water density, analogous to the corresponding electron density in an X-ray diffraction experiment. The water-density distribution is approximated in terms of two- and three-particle correlation functions of solute atoms with water using a potentials-of-mean-force expansion. |
| Формат | application.pdf |
| Издатель | Royal Society of Chemistry |
| Название | A statistical mechanical description of biomolecular hydration |
| Тип | research-article |
| DOI | 10.1039/FD9960300175 |
| Electronic ISSN | 1364-5498 |
| Print ISSN | 1359-6640 |
| Журнал | Faraday Discussions |
| Том | 103 |
| Первая страница | 175 |
| Последняя страница | 189 |
| Библиографическая ссылка | Rupley, Adv. Protein Chem., 1991, 41, 37 |
| Библиографическая ссылка | Savage, Meth. Enzymol., 1986, 127, 162 |
| Библиографическая ссылка | Otting, Science, 1991, 254, 974 |
| Библиографическая ссылка | Westhof, Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem., 1988, 17, 125 |
| Библиографическая ссылка | Zhang, Protein Sci., 1994, 3, 1031 |
| Библиографическая ссылка | Brooks III, Meth. Enzymol., 1986, 127, 369 |
| Библиографическая ссылка | Gerstein, J. Phys. Chem., 1993, 97, 2982 |
| Библиографическая ссылка | Brunne, J. Mol. Biol., 1993, 231, 1040 |
| Библиографическая ссылка | Deisenhofer, J. Mol. Biol., 1995, 246, 429 |
| Библиографическая ссылка | Bhat, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1994, 91, 1089 |
| Библиографическая ссылка | Thanki, J. Mol. Biol., 1991, 221, 669 |
| Библиографическая ссылка | Pitt, J. Comput. Chem., 1993, 14, 1007 |
| Библиографическая ссылка | Schneider, Biophys. J., 1993, 65, 2291 |
| Библиографическая ссылка | Roe, J. Mol. Biol., 1993, 229, 419 |
| Библиографическая ссылка | Dunbrack Jr., J. Mol. Biol., 1993, 230, 543 |
| Библиографическая ссылка | Soumpasis, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1984, 81, 5116 |
| Библиографическая ссылка | D. M. Soumpasis , Computation of Biomolecular Structures, ed. D. M. Soumpasis and T. M. Jovin, Springer, Berlin, 1993, pp. 223–239. |
| Библиографическая ссылка | Klement, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1991, 88, 4631 |
| Библиографическая ссылка | Hummer, Phys. Rev. E, 1994, 49, 591 |
| Библиографическая ссылка | Hummer, Phys. Rev. E, 1994, 50, 5085 |
| Библиографическая ссылка | Kirkwood, J. Chem. Phys., 1935, 3, 300 |
| Библиографическая ссылка | A. Münster , Statistical Thermodynamics, Springer, Berlin, 1969, vol. 1, p. 338. |
| Библиографическая ссылка | Hummer, Biophys. J., 1995, 68, 1639 |
| Библиографическая ссылка | Fisher, Dokl. Akad. Nauk SSSR, 1960, 133, 81 |
| Библиографическая ссылка | Ashbaugh, J. Phys. Chem., 1996, in the press |
| Библиографическая ссылка | Garde, Phys. Rev. E, 1995, 53, 4310 |
| Библиографическая ссылка | Soper, Chem. Phys., 1986, 107, 47 |
| Библиографическая ссылка | Jorgensen, J. Chem. Phys., 1983, 79, 926 |
| Библиографическая ссылка | Soper, Nucl. Instrum. Meth. Phys. Res. A, 1995, 354, 87 |
| Библиографическая ссылка | D. M. Soumpasis , P.Procacci and G.Corongiu, IBM DSD report, October 1991, IBM. |
| Библиографическая ссылка | Niesar, J. Phys. Chem., 1990, 94, 7949 |
| Библиографическая ссылка | H. J. C. Berendsen , J. P. M.Postma, W. F.van Gunsteren and J.Hermans, Intermolecular Forces: Proceedings of the 14th Jerusalem Symposium on Quantum Chemistry and Biochemistry, ed. B. Pullman, Reidel, Dordrecht, 1981, pp. 331–342. |
| Библиографическая ссылка | Karim, Chem. Phys. Lett., 1987, 138, 531 |
| Библиографическая ссылка | Karim, J. Chem. Phys., 1988, 89, 6889 |
| Библиографическая ссылка | Karim, J. Chem. Phys., 1990, 92, 4634 |
| Библиографическая ссылка | Jorgensen, J. Am Chem. Soc., 1988, 110, 1657 |
| Библиографическая ссылка | Wlodawer, J. Mol. Biol., 1987, 193, 145 |
| Библиографическая ссылка | Bernstein, J. Mol. Biol., 1977, 112, 535 |
| Библиографическая ссылка | Seeman, J. Mol. Biol., 1976, 104, 109 |
| Библиографическая ссылка | W. Saenger , Principles of Nucleic Acid Structure, Springer, Berlin, 1984, pp. 368–384. |
| Библиографическая ссылка | E. Westhof and D. L.Beveridge, Water Science Reviews, ed. F. Franks, Cambridge University Press, Cambridge, 1990, vol. 5, pp. 24–136. |
| Библиографическая ссылка | Liepinsh, Nucleic Acids Res., 1992, 20, 6549 |
| Библиографическая ссылка | Kopka, J. Mol. Biol., 1983, 163, 129 |
| Библиографическая ссылка | Privé, J. Mol. Biol., 1991, 217, 177 |
| Библиографическая ссылка | G. Hummer and D. M.Soumpasis, Structural Biology: The State of the Art; Proceedings of the Eighth Conversations in the Discipline Biomolecular Stereodynamics, ed. R. H. Sarma and M. H. Sarma, Adenine Press, Schenectady, NY, 1994, vol. 2, pp. 273–278. |
| Библиографическая ссылка | G. Hummer , D. M.Soumpasis and A. E.García, Nonlinear Excitations in Biomolecules, Les Editions de Physique, ed. M. Peyrard, Springer, Berlin, 1995, pp. 83–99. |
| Библиографическая ссылка | Chuprina, Nucleic Acids Res., 1987, 15, 293 |
| Библиографическая ссылка | Liepinsh, Nucleic Acids Res., 1994, 22, 2249 |
| Библиографическая ссылка | Sussman, J. Mol. Biol., 1978, 123, 607 |
| Библиографическая ссылка | Westhof, Biochimie, 1988, 70, 145 |
| Библиографическая ссылка | Westhof, Acta Crystallogr., Sect. A, 1988, 44, 112 |
| Библиографическая ссылка | Fischmann, J. Biol. Chem., 1991, 266, 12915 |
| Библиографическая ссылка | H. S. Green , The Molecular Theory of Fluids, North-Holland, Amsterdam, 1952, p. 73. |
| Библиографическая ссылка | Chitarra, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, 90, 7711 |
| Библиографическая ссылка | Braden, J. Mol. Biol., 1994, 243, 767 |
| Библиографическая ссылка | Lescar, J. Biol. Chem., 1995, 270, 18067 |
| Библиографическая ссылка | Cohen, Acta Crystallogr., Sect. D, 1995, 52, 315 |
| Библиографическая ссылка | Padlan, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 5938 |
| Библиографическая ссылка | Alary, J. Phys. Chem., 1993, 97, 13864 |
| Библиографическая ссылка | Schwarz, Eur. J. Biochem., 1995, 228, 388 |
| Библиографическая ссылка | Tello, Biochem. Soc. Trans., 1993, 21, 943 |
| Библиографическая ссылка | Hibbits, Biochemistry, 1994, 33, 3584 |
| Библиографическая ссылка | Tsumoto, J. Biol. Chem., 1994, 269, 28777 |
