| Автор | Pang, Jiayun |
| Автор | Scrutton, Nigel S. |
| Автор | Sutcliffe, Michael J. |
| Дата выпуска | 2009 |
| ISBN | 978-0-85404-122-0 |
| Формат | application.pdf |
| Издатель | Royal Society of Chemistry |
| Название | Chapter 10. Computational Simulations of Tunnelling Reactions in Enzymes |
| Тип | other |
| DOI | 10.1039/9781847559975-00219 |
| Print ISSN | 1757-7152 |
| Журнал | Quantum Tunnelling in Enzyme-Catalysed Reactions |
| Первая страница | 219 |
| Последняя страница | 241 |
| Аффилиация | Pang Jiayun; Manchester Interdisciplinary Biocentre, and School of Chemical Engineering and Analytical Science, University of Manchester |
| Аффилиация | Scrutton Nigel S.; Manchester Interdisciplinary Biocentre, and Faculty of Life Sciences, University of Manchester |
| Аффилиация | Sutcliffe Michael J.; Manchester Interdisciplinary Biocentre, and School of Chemical Engineering and Analytical Science, University of Manchester |
| Библиографическая ссылка | A. D. MacKerell, J. Comput. Chem., 2004, 25, 1584, 1604 |
| Библиографическая ссылка | Y. Duan, C. Wu, S. Chowdhury, M. C. Lee, G. Xiong, W. Zhang, R. Yang, P. Cieplak, R. Luo, T. Lee, J. Comput. Chem., 2003, 24, 1999, 2012 |
| Библиографическая ссылка | A. D. MacKerell, D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, M. Karplus, J. Phys. Chem. B, 1998, 102, 3586, 3616 |
| Библиографическая ссылка | W. F. Van Gunsteren, H. J. C. Berendsen, Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 1990, 29, 992, 1023 |
| Библиографическая ссылка | J. R. Maple, U. Dinur, A. T. Hagler, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1988, 85, 5350, 5354 |
| Библиографическая ссылка | W. L. Jorgensen, J. Tiradorives, J. Am. Chem. Soc., 1988, 110, 1666, 1671 |
| Библиографическая ссылка | D. A. Case, T. E. Cheatham 3rd, T. Darden, H. Gohlke, R. Luo, J. Merz, K. M. A. Onufriev, C. Simmerling, B. Wang, R. J. Woods, J. Comput. Chem., 2005, 26, 1668, 1688 |
| Библиографическая ссылка | B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, M. Karplus, J. Comput. Chem., 1983, 4, 187, 217 |
| Библиографическая ссылка | W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz, D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell, P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 5179, 5197 |
| Библиографическая ссылка | H. M. Senn, W. Thiel, Curr. Opin. Chem. Biol., 2007, 11, 182, 187 |
| Библиографическая ссылка | H. Lin, D. G. Truhlar, Theor. Chem. Acc., 2007, 117, 185, 199 |
| Библиографическая ссылка | D. Riccardi, P. Schaefer, Y. Yang, H. B. Yu, N. Ghosh, X. Prat-Resina, P. Konig, G. H. Li, D. G. Xu, H. Guo, M. Elstner, Q. Cui, J. Phys. Chem. B, 2006, 110, 6458, 6469 |
| Библиографическая ссылка | A. Warshel, M. Levitt, J. Mol. Biol., 1976, 103, 227, 249 |
| Библиографическая ссылка | U. C. Singh, P. A. Kollman, J. Comput. Chem., 1986, 7, 718, 730 |
| Библиографическая ссылка | V. Thery, D. Rinaldi, J. Rivail, B. Maigret, G. G. Ferenczy, J. Comput. Chem., 1994, 15, 269, 282 |
| Библиографическая ссылка | J. Gao, P. Amara, C. Alhambra, M. J. Field, J. Phys. Chem. A, 1998, 102, 4714, 4721 |
| Библиографическая ссылка | J. Pu, J. Gao, D. G. Truhlar, J. Phys. Chem. A, 2004, 108, 632, 650 |
| Библиографическая ссылка | J. Pu, J. Gao, D. G. Truhlar, ChemPhysChem, 2005, 6, 1853, 1865 |
| Библиографическая ссылка | C. Alhambra, J. Corchado, M. L. Sanchez, J. Gao, D. G. Truhlar, J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 8197, 8203 |
| Библиографическая ссылка | L. S. Devi-Kesavan, M. Garcia-Viloca, J. Gao, Theor. Chem. Acc, 2003, 109, 133, 139 |
| Библиографическая ссылка | D. G. Truhlar, J. Gao, M. Garcia-Viloca, C. Alhambra, J. Corchado, M. L. Sanchez, T. D. Poulsen, Int. J. Quantum Chem., 2004, 100, 1136, 1152 |
| Библиографическая ссылка | J. Pu, J. Gao, D. G. Truhlar, Chem. Rev., 2006, 106, 3140, 3169 |
| Библиографическая ссылка | J. K. Hwang, A. Warshel, J. Am. Chem. Soc., 1996, 118, 11745, 11751 |
| Библиографическая ссылка | S. R. Billeter, S. P. Webb, T. Lordanov, S. Hammes-Schiffer, J. Chem. Phys., 2001, 114, 6925, 6936 |
| Библиографическая ссылка | J. Gao, D. G. Truhlar, Annu. Rev. Phys. Chem., 2002, 53, 467, 505 |
| Библиографическая ссылка | S. Hammes-Schiffer, Curr. Opin. Struct. Biol., 2004, 14, 192, 201 |
| Библиографическая ссылка | W. Humphrey, A. Dalke, K. Schulten, J. Molec. Graphics, 1996, 14, 33, 38 |
| Библиографическая ссылка | J. L. Radkiewicz, C. L. Brooks, J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 225, 231 |
| Библиографическая ссылка | S. Caratzoulas, J. S. Mincer, S. D. Schwartz, J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 3270, 3276 |
| Библиографическая ссылка | R. B. Sessions, P. Dauber-Osguthorpe, D. J. Osguthorpe, J. Mol. Biol., 1989, 210, 617, 633 |
| Библиографическая ссылка | J. Basran, S. Patel, M. J. Sutcliffe, N. S. Scrutton, J. Biol. Chem., 2001, 276, 6234, 6242 |
| Библиографическая ссылка | L. Masgrau, A. Roujeinikova, L. O. Johannissen, P. Hothi, J. Basran, K. E. Ranaghan, A. J. Mulholland, M. J. Sutcliffe, N. S. Scrutton, D. Leys, Science, 2006, 312, 237, 241 |
| Библиографическая ссылка | L. Masgrau, K. E. Ranaghan, N. S. Scrutton, A. J. Mulholland, M. J. Sutcliffe, J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 3032, 3047 |
| Библиографическая ссылка | L. O. Johannissen, S. Hay, N. S. Scrutton, M. J. Sutcliffe, J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 2631, 2638 |
| Библиографическая ссылка | M. Garcia-Viloca, J. Gao, M. Karplus, D. G. Truhlar, Science, 2004, 303, 186, 195 |
| Библиографическая ссылка | H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov, P. E. Bourne, Nucl. Acids Res., 2000, 28, 235, 242 |
| Библиографическая ссылка | W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, M. L. Klein, J. Chem. Phys., 1983, 79, 926, 935 |
| Библиографическая ссылка | N. Reuter, A. Dejaegere, B. Maigret, M. Karplus, J. Phys. Chem. A, 2000, 104, 1720, 1735 |
| Библиографическая ссылка | C. L. Brooks III, M. Karplus, J. Chem. Phys., 1983, 79, 6312, 6325 |
| Библиографическая ссылка | G. M. Torrie, J. P. Valleau, J. Comput. Phys., 1977, 23, 187, 199 |
| Библиографическая ссылка | F. Proust-De Martin, R. Dumas, M. J. Field, J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 7688, 7697 |
| Библиографическая ссылка | C. Bartels, M. Karplus, J. Comput. Chem., 1997, 18, 1450, 1462 |
| Библиографическая ссылка | G. Tresadern, S. Nunez, P. F. Faulder, H. Wang, I. H. Hillier, N. A. Burton, Faraday Discuss., 2003, 122, 223, 242 |
| Библиографическая ссылка | D. G. Truhlar, J. Gao, C. Alhambra, M. Garcia-Viloca, J. Corchado, M. L. Sanchez, J. Villa, Acc. Chem. Res., 2002, 35, 341, 349 |
| Библиографическая ссылка | M. Page, J. W. McIver, J. Chem. Phys., 1988, 88, 922, 935 |
| Библиографическая ссылка | Y. Y. Chuang, J. C. Corchado, D. G. Truhlar, J. Phys. Chem. A, 1999, 103, 1140, 1149 |
| Библиографическая ссылка | M. Garcia-Viloca, C. Alhambra, D. G. Truhlar, J. Gao, J. Chem. Phys., 2001, 114, 9953, 9958 |
| Библиографическая ссылка | L. Masgrau, A. Gonzalez-Lafont, J. M. Lluch, Chem. Phys. Lett., 2002, 353, 154, 162 |
| Библиографическая ссылка | P. Hothi, K. A. Khadra, J. P. Combe, D. Leys, N. S. Scrutton, FEBS J., 2005, 272, 5894, 5909 |
| Библиографическая ссылка | P. Ball, Nature, 2004, 431, 396, 397 |
| Библиографическая ссылка | A. M. Kuznetsov, J. Ulstrup, Can. J. Chem., 1999, 77, 1085, 1096 |
| Библиографическая ссылка | M. R. Sawaya, J. Kraut, Biochemistry, 1997, 36, 586, 603 |
| Библиографическая ссылка | J. R. Schnell, H. J. Dyson, P. E. Wright, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 2004, 33, 119, 140 |
| Библиографическая ссылка | R. S. Sikorski, L. Wang, K. A. Markham, P. T. R. Rajagopalan, S. J. Benkovic, A. Kohen, J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 4778, 4779 |
| Библиографическая ссылка | P. K. Agarwal, S. R. Billeter, P. T. R. Rajagopalan, S. J. Benkovic, S. Hammes-Schiffer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 2794, 2799 |
| Библиографическая ссылка | C. J. Falzone, P. E. Wright, S. J. Benkovic, Biochemistry, 1994, 33, 439, 442 |
| Библиографическая ссылка | M. J. Osborne, J. Schnell, S. J. Benkovic, H. J. Dyson, P. E. Wright, Biochemistry, 2001, 40, 9846, 9859 |
| Библиографическая ссылка | J. R. Schnell, H. J. Dyson, P. E. Wright, Biochemistry, 2004, 43, 374, 383 |
| Библиографическая ссылка | P. K. Agarwal, S. R. Billeter, S. Hammes-Schiffer, J. Phys. Chem. B, 2002, 106, 3283, 3293 |
| Библиографическая ссылка | J. B. Watney, S. Hammes-Schiffer, J. Phys. Chem. B, 2006, 110, 10130, 10138 |
