| Автор | Bontoux, Nathalie |
| Автор | Dauphinot, Luce |
| Автор | Potier, Marie-Claude |
| Дата выпуска | 2010 |
| ISBN | 978-1-84755-911-1 |
| dc.description | Single cell whole transcriptome analysis, i.e. the analysis of all the genes that are expressed by a cell at a given time and under given physiological or pathological conditions, constitutes a major challenge in understanding cellular diversity and the complexity of living organisms. Indeed, such analyses will be key in unravelling cellular regulatory networks and understanding cell growth, differentiation and migration mechanisms.1 They are also of significant interest for diagnosis and could prove a very efficient tool to identify new therapeutic targets.2With the recent development of DNA microarrays, the transcriptome, i.e. the expression of all the genes, can now be studied in a single experiment. However, current labelling and detection methods require a starting amount of total RNA of about 100ng, which is around 10<sup>4</sup> times more than the content of a single cell. The sensitivity thus undoubtedly needs to be improved to achieve accurate single cell whole transcriptome analysis. In this context, microfluidic devices offer interesting perspectives since they enable studies to be performed at the pico or nanoliter scale.In this chapter, we will detail our microfluidic approach for whole gene profiling of single cells. We will briefly review the choice of protocols for single cell transcriptome amplification as well as materials and techniques that can be used to fabricate microfluidic devices. We will describe the integration of the reverse-transcription (RT) and polymerase chain reaction (PCR) steps on chip and then discuss how all the steps of the biological protocol can be integrated in a single lab-on-a-chip. |
| Формат | application.pdf |
| Издатель | Royal Society of Chemistry |
| Название | Chapter 16. A Concrete Case: A Microfluidic Device for Single Cell Whole Transcriptome Analysis |
| Тип | other |
| DOI | 10.1039/9781849732284-00243 |
| Print ISSN | 1757-7136 |
| Журнал | Unravelling Single Cell Genomics |
| Первая страница | 243 |
| Последняя страница | 260 |
| Библиографическая ссылка | E. S. Kawasaki, Ann. N. Y. Acad. Sci., 2004, 1020, 92 |
| Библиографическая ссылка | C. A. Klein, S. Seidl, K. Petat-Dutter, S. Offner, J. B. Geigl, O. Schmidt-Kittler, N. Wendler, B. Passlick, R. M. Huber, G. Schlimok, P. A. Baeuerle, G. Riethmuller, Nat. Biotechnol., 2002, 20, 387 |
| Библиографическая ссылка | H. Andersson, A. van den Berg, Lab Chip, 2006, 6, 467 |
| Библиографическая ссылка | P. J. Obeid, T. K. Christopoulos, H. J. Crabtree, C. J. Backhouse, Anal. Chem., 2003, 75, 288 |
| Библиографическая ссылка | N. R. Beer, B. J. Hindson, E. K. Wheeler, S. B. Hall, K. A. Rose, I. M. Kennedy, B. W. Colston, Anal. Chem., 2007, 79, 8471 |
| Библиографическая ссылка | J. S. Marcus, W. F. Anderson, S. R. Quake, Anal. Chem., 2006, 78, 3084 |
| Библиографическая ссылка | L. Warren, D. Bryder, I. L. Weissman, S. R. Quake, Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A., 2006, 103, 17807 |
| Библиографическая ссылка | N. Bontoux, L. Dauphinot, T. Vitalis, V. Studer, Y. Chen, J. Rossier, M. C. Potier, Lab Chip, 2008, 8, 443 |
| Библиографическая ссылка | H. P. Chou, M. A. Unger, S. R. Quake, Biomed. Microdev., 2001, 3, 323 |
| Библиографическая ссылка | J. W. Hong, V. Studer, G. Hang, W. F. Anderson, S. R. Quake, Nat. Biotechnol., 2004, 22, 435 |
| Библиографическая ссылка | R. N. Van Gelder, M. E. von Zastrow, A. Yool, W. C. Dement, J. D. Barchas, J. H. Eberwine, Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A., 1990, 87, 1663 |
| Библиографическая ссылка | L. Petalidis, S. Bhattacharyya, G. A. Morris, V. P. Collins, T. C. Freeman, P. A. Lyons, Nucleic Acids Res, 2003, 31, e142 |
| Библиографическая ссылка | I. Tietjen, J. Rihel, C. G. Dulac, Int. J. Dev. Biol., 2005, 49, 201 |
| Библиографическая ссылка | S. Gustincich, M. Contini, M. Gariboldi, M. Puopolo, K. Kadota, H. Bono, J. LeMieux, P. Walsh, P. Carninci, Y. Hayashizaki, Y. Okazaki, E. Raviola, Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A., 2004, 101, 5069 |
| Библиографическая ссылка | K. Kurimoto, Y. Yabuta, Y. Ohinata, M. Saitou, Nat. Protoc., 2007, 2, 739 |
| Библиографическая ссылка | K. B. Jensen, F. M. Watt, Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A., 2006, 103, 11958 |
| Библиографическая ссылка | K. Kurimoto, Y. Yabuta, Y. Ohinata, Y. Ono, K. D. Uno, R. G. Yamada, H. R. Ueda, M. Saitou, Nucleic Acids Res., 2006, 34, e42 |
| Библиографическая ссылка | B. Seshi, S. Kumar, D. King, Blood Cells Mol. Dis., 2003, 31, 268 |
| Библиографическая ссылка | I. Tietjen, J. M. Rihel, Y. Cao, G. Koentges, L. Zakhary, C. Dulac, Neuron, 2003, 38, 161 |
| Библиографическая ссылка | A. Kawaguchi, T. Ikawa, T. Kasukawa, H. R. Ueda, K. Kurimoto, M. Saitou, F. Matsuzaki, Development, 2008, 135, 3113 |
| Библиографическая ссылка | K. Kurimoto, Y. Yabuta, Y. Ohinata, M. Shigeta, K. Yamanaka, M. Saitou, Genes Dev., 2008, 22, 1617 |
| Библиографическая ссылка | K. Kurimoto, M. Yamaji, Y. Seki, M. Saitou, Cell Cycle, 2008, 7, 3514 |
| Библиографическая ссылка | M. Yamaji, Y. Seki, K. Kurimoto, Y. Yabuta, M. Yuasa, M. Shigeta, K. Yamanaka, Y. Ohinata, M. Saitou, Nat. Genet., 2008, 40, 1016 |
| Библиографическая ссылка | N. N. Iscove, M. Barbara, M. Gu, M. Gibson, C. Modi, N. Winegarden, Nat. Biotechnol., 2002, 20, 940 |
| Библиографическая ссылка | T. Subkhankulova, F. J. Livesey, Genome Biol., 2006, 7, R18 |
| Библиографическая ссылка | H. A. Stone, A. D. Stroock, A. Ajdari, Annu. Rev. Fluid Mech., 2004, 36, 381 |
| Библиографическая ссылка | M. A. Unger, H. P. Chou, T. Thorsen, A. Scherer, S. R. Quake, Science, 2000, 288, 113 |
| Библиографическая ссылка | V. Studer, A. Pepin, Y. Chen, A. Ajdari, Analyst, 2004, 129, 944 |
| Библиографическая ссылка | J. Curry, C. McHale, M. T. Smith, Biotechniques, 2002, 32, 770 |
| Библиографическая ссылка | J. P. Levesque-Sergerie, M. Duquette, C. Thibault, L. Delbecchi, N. Bissonnette, BMC. Mol. Biol., 2007, 8, 93 |
| Библиографическая ссылка | A. Stahlberg, M. Kubista, M. Pfaffl, Clin. Chem., 2004, 50, 1678 |
| Библиографическая ссылка | K. Le Brigand, R. Russell, C. Moreilhon, J. M. Rouillard, B. Jost, F. Amiot, V. Magnone, C. Bole-Feysot, P. Rostagno, V. Virolle, V. Defamie, P. Dessen, G. Williams, P. Lyons, G. Rios, B. Mari, E. Gulari, P. Kastner, X. Gidrol, T. C. Freeman, P. Barbry, Nucleic Acids Res., 2006, 34, e87 |
| Библиографическая ссылка | D. P. Chandler, C. A. Wagnon, H. Bolton Jr., Appl. Environ. Microbiol., 1998, 64, 669 |
| Библиографическая ссылка | L. N. Sellner, R. J. Coelen, J. S. Mackenzie, Nucleic Acids Res., 1992, 20, 1487 |
| Библиографическая ссылка | N. A. Chebotareva, B. I. Kurganov, N. B. Livanova, Biochemistry (Moscow), 2004, 69, 1239 |
| Библиографическая ссылка | R. J. Ellis, Trends Biochem. Sci., 2001, 26, 597 |
| Библиографическая ссылка | D. Miyoshi, N. Sugimoto, Biochimie, 2008, 90, 1040 |
| Библиографическая ссылка | R. R. Lareu, K. S. Harve, M. Raghunath, Biochem. Biophys. Res. Commun., 2007, 363, 171 |
| Библиографическая ссылка | Y. Sasaki, D. Miyoshi, N. Sugimoto, Biotechnol. J., 2006, 1, 440 |
| Библиографическая ссылка | M. O. Reese, R. M. van Dam, A. Scherer, S. R. Quake, Genome Res., 2003, 13, 2348 |
| Библиографическая ссылка | C. Situma, M. Hashimoto, S. A. Soper, Biomol. Eng., 2006, 23, 213 |
| Библиографическая ссылка | M. Hashimoto, F. Barany, S. A. Soper, Biosens. Bioelectron., 2006, 21, 1915 |
| Библиографическая ссылка | C. Situma, Y. Wang, M. Hupert, F. Barany, R. L. McCarley, S. A. Soper, Anal. Biochem., 2005, 340, 123 |
| Библиографическая ссылка | H. Jin-Lee, T. T. Goodrich, R. M. Corn, Anal. Chem., 2001, 73, 5525 |
| Библиографическая ссылка | L. Malic, T. Veres, M. Tabrizian, Biosens. Bioelectron., 2009, 24, 2218 |
| Библиографическая ссылка | J. D. Suter, I. M. White, H. Zhu, H. Shi, C. W. Caldwell, X. Fan, Biosens. Bioelectron., 2008, 23, 1003 |
| Библиографическая ссылка | I. M. White, H. Oveys, X. Fan, Opt. Lett., 2006, 31, 1319 |
| Библиографическая ссылка | J. Wen, X. Yang, K. Wang, W. Tan, L. Zhou, X. Zuo, H. Zhang, Y. Chen, Biosens. Bioelectron., 2007, 22, 2759 |
| Библиографическая ссылка | M. F. Ali, R. Kirby, A. P. Goodey, M. D. Rodriguez, A. D. Ellington, D. P. Neikirk, J. T. McDevitt, Anal. Chem., 2003, 75, 4723 |
| Библиографическая ссылка | J. Kim, J. Heo, R. M. Crooks, Langmuir, 2006, 22, 10130 |
| Библиографическая ссылка | M. Han, X. Gao, J. Z. Su, S. Nie, Nat. Biotechnol., 2001, 19, 631 |
| Библиографическая ссылка | P. S. Eastman, W. Ruan, M. Doctolero, R. Nuttall, G. de Feo, J. S. Park, J. S. Chu, P. Cooke, J. W. Gray, S. Li, F. F. Chen, Nano Lett., 2006, 6, 1059 |
