| Автор | Fort, Emmanuel |
| Дата выпуска | 2010 |
| ISBN | 978-1-84755-911-1 |
| dc.description | The major factors that have limited the use of DNA microarrays in research and diagnostics are the amount of target needed, the detection specificity, as well as the cost and reliability of detection equipment and assays. While the current gold standard for detection is fluorescence technology, the emphasis on more efficient and sensitive instrumentation has spurred the development of a number of new labeling and detection methodologies. Recent reports have demonstrated that alternative techniques like semiconductor or metal nanoparticle labels or electrochemical detection techniques could eliminate the need for target amplification steps such as PCR. Besides, the improvements in labeling technology enabled multiplexing by increasing the number of detectable colour channels and direct tracking of gene expression inside living cells.This chapter is devoted to the latest developments in terms of hybridization techniques and read-out technologies that are promising for enhanced detection and quantification of specific gene sequences. These techniques are widely used in two emerging trends: the bio-barcode strategy and live-cell imaging. |
| Формат | application.pdf |
| Издатель | Royal Society of Chemistry |
| Название | Chapter 18. New Detection Methods for Single Cells |
| Тип | other |
| DOI | 10.1039/9781849732284-00285 |
| Print ISSN | 1757-7136 |
| Журнал | Unravelling Single Cell Genomics |
| Первая страница | 285 |
| Последняя страница | 309 |
| Библиографическая ссылка | E. M. Ozbudak, M. Thattai, I. Kurtser, A. D. Grossman, A. van Oudenaarden, Nat. Genet., 2002, 31, 69 |
| Библиографическая ссылка | P. S. Swain, M. B. Elowitz, E. D. Siggia, Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A., 2002, 99, 12795 |
| Библиографическая ссылка | S. Ramsey, A. Ozinsky, A. Clark, K. D. Smith, P. de Atauri, V. Thorsson, D. Orrell, H. Bolouri, Philos. Trans. R. Soc. London B, Biol. Sci., 2006, 361, 495 |
| Библиографическая ссылка | M. B. Elowitz, A. J. Levine, E. D. Siggia, P. S. Swain, Science, 2002, 297, 1183 |
| Библиографическая ссылка | C. V. Rao, D. M. Wolf, A. P. Arkin, Nature, 2002, 420, 231 |
| Библиографическая ссылка | W. J. Blake, M. Kaern, C. R. Cantor, J. J. Collins, Nature, 2003, 422, 633 |
| Библиографическая ссылка | J. M. Raser, E. K. O'Shea, Science, 2005, 309, 2010 |
| Библиографическая ссылка | J. R. Newman, S. Ghaemmaghami, J. Ihmels, D. K. Breslow, M. Noble, J. L. Derisi, J. S. Weissman, Nature, 2006, 441, 840 |
| Библиографическая ссылка | R. L. Stears, T. Martinsky, M. Schena, Nat. Med., 2003, 9, 140 |
| Библиографическая ссылка | S. R. Nicewarner-Pena, R. G. Freeman, B. D. Reiss, L. He, D. J. Pena, I. D. Walton, R. Cromer, C. D. Keating, M. J. Natan, Science, 2001, 294, 137 |
| Библиографическая ссылка | I. D. Walton, S. M. Norton, A. Balasingham, L. He, D. F. Oviso Jr., D. Gupta, P. A. Raju, M. J. Natan, R. G. Freeman, Anal. Chem., 2002, 74, 2240 |
| Библиографическая ссылка | F. Cunin, T. A. Schmedake, J. R. Link, Y. Y. Li, J. Koh, S. N. Bhatia, M. J. Sailor, Nat. Mater., 2002, 1, 39 |
| Библиографическая ссылка | M. J. Dejneka, A. Streltsov, S. Pal, A. G. Frutos, C. L. Powell, K. Yost, P. K. Yuen, U. Muller, J. Lahiri, Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A., 2003, 100, 389 |
| Библиографическая ссылка | L. Grondahl, B. J. Battersby, D. Bryant, M. Trau, Langmuir, 2000, 16, 9709 |
| Библиографическая ссылка | B. J. Battersby, D. Bryant, W. Meutermans, D. Matthews, M. L. Smythe, M. Trau, J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 2138 |
| Библиографическая ссылка | K. Braeckmans, S. de Smedt, C. Roelant, M. Leblans, R. Pauwels, J. Demeester, Nat. Mater., 2003, 2, 169 |
| Библиографическая ссылка | Y. C. Cao, R. Jin, C. A. Mirkin, Science, 2002, 297, 1536 |
| Библиографическая ссылка | Y. C. Cao, R. Jin, J. M. Nam, C. S. Thaxton, C. A. Mirkin, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 14676 |
| Библиографическая ссылка | S. P. Mulvaney, M. D. Musick, C. D. Keating, M. J. Natan, Langmuir, 2003, 19, 4784 |
| Библиографическая ссылка | W. E. Doering, S. Nie, Anal. Chem., 2003, 75, 6171 |
| Библиографическая ссылка | M. Y. Han, X. H. Gao, J. Z. Su, S. M. Nie, Nat. Biotechnol., 2001, 19, 631 |
| Библиографическая ссылка | X. H. Gao, W. C. W. Chan, S. M. Nie, J. Biomed. Opt., 2002, 7, 532 |
| Библиографическая ссылка | X. H. Gao, S. M. Nie, J. Phys. Chem. B, 2003, 107, 11575 |
| Библиографическая ссылка | N. Gaponik, I. L. Radtchenko, G. B. Sukhorukov, H. Weller, A. L. Rogach, Avd. Mater., 2002, 14, 879 |
| Библиографическая ссылка | H. Xu, M. Y. Sha, E. Y. Wong, J. Uphoff, Y. Xu, J. A. Treadway, A. Truong, E. Oâ Brien, S. Asquith, M. Stubbins, N. K. Spurr, E. H. Lai, W. Mahoney, Nucleic Acids Res., 2003, 31, 43 |
| Библиографическая ссылка | Y. Ke, S. Lindsay, Y. Chang, Y. Liu, H. Yan, Science, 2008, 319, 180 |
| Библиографическая ссылка | Y. Shav-Tal, R. H. Singer, X. Darzacq, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2004, 5, 855 |
| Библиографическая ссылка | T. Zimmermann, J. Rietdorf, R. Pepperkok, FEBS Lett., 2003, 546, 87 |
| Библиографическая ссылка | G. Patterson, R. N. Day, D. Piston, J. Cell Sci., 2001, 114, 837 |
| Библиографическая ссылка | W. A. Carrington, R. M. Lynch, E. D. Moore, G. Isenberg, K. E. Fogarty, F. S. Fay, Science, 1995, 268, 1483 |
| Библиографическая ссылка | S. W. Hell, Nat. Biotechnol., 2003, 21, 1347 |
| Библиографическая ссылка | S. W. Hell, J. Wichmann, Opt. Lett., 1994, 19, 780 |
| Библиографическая ссылка | S. W. Hell, M. Kroug, Appl. Phys. B, 1995, 60, 495 |
| Библиографическая ссылка | M. G. Gustafsson, Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A., 2005, 102, 13081 |
| Библиографическая ссылка | R. Heintzmann, T. M. Jovin, C. Cremer, J. Opt. Soc. Am., 2002, 19, 1599 |
| Библиографическая ссылка | L. Shao, B. Isaac, S. Uzawa, D. A. Agard, J. W. Sedat, M. G. Gustafsson, Biophys. J., 2008, 94, 4971 |
| Библиографическая ссылка | R. E. Thompson, D. R. Larson, W. W. Webb, Biophys. J., 2002, 82, 2775 |
| Библиографическая ссылка | E. Betzig, G. H. Patterson, R. Sougrat, O. W. Lindwasser, S. Olenych, J. S. Bonifacino, M. W. Davidson, J. Lippincott-Schwartz, H. F. Hess, Science, 2006, 313, 1642 |
| Библиографическая ссылка | S. T. Hess, T. P. Girirajan, M. D. Mason, Biophys. J., 2006, 91, 4258 |
| Библиографическая ссылка | M. J. Rust, M. Bates, X. Zhuang, Nat. Methods, 2006, 3, 793 |
| Библиографическая ссылка | A. M. Femino, F. S. Fay, K. Fogarty, R. H. Singer, Science, 1998, 280, 585 |
| Библиографическая ссылка | J. M. Levsky, S. Shenoy, R. Pezo, R. H. Singer, Science, 2002, 297, 836 |
| Библиографическая ссылка | M. B. Elowitz, S. Leibler, Nature, 2000, 403, 335 |
| Библиографическая ссылка | J. M. Raser, E. K. O'shea, Science, 2004, 304, 1811 |
| Библиографическая ссылка | E. Le Moal, E. Fort, S. Lévêque-Fort, A. Janin, H. Murata, F. P. Cordelieres, M.-P. Fontaine-Aupart, C. Ricolleau, J. Biomed. Opt., 2007, 12, 024030 |
| Библиографическая ссылка | J. C. Simpson, V. E. Neubrand, S. Wiemann, R. Pepperkok, Histochem. Cell Biol., 2001, 115, 23 |
| Библиографическая ссылка | K. I. Willig, R. R. Kellner, R. Medda, B. Hein, S. Jakobs, S. W. Hell, Nat. Methods, 2006, 3, 721 |
| Библиографическая ссылка | B. Hein, K. I. Willig, S. W. Hell, Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A., 2008, 105, 14271 |
| Библиографическая ссылка | J. Lippincott-Schwartz, G. H. Patterson, Methods Cell Biol., 2008, 85, 45 |
| Библиографическая ссылка | K. A. Lukyanov, D. M. Chudakov, S. Lukyanov, V. V. Verkhusha, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2005, 6, 885 |
| Библиографическая ссылка | J. Fölling, V. Belov, D. Riedel, A. Schönle, A. Egner, C. Eggeling, M. Bossi, S. W. Hell, ChemPhysChem, 2008, 9, 321 |
| Библиографическая ссылка | M. Fernández-Suárez, A. Y. Ting, Nat. Rev., 2008, 9, 929 |
| Библиографическая ссылка | D. R. Walt, Science, 2000, 287, 451 |
| Библиографическая ссылка | R. S. Rao, S. R. Visuri, M. T. McBride, J. S. Albala, D. L. Matthews, M. A. Coleman, J. Proteome Res., 2004, 3, 736 |
| Библиографическая ссылка | P. S. Eastman, W. Ruan, M. Doctolero, R. Nuttall, G. de Feo, J. S. Park, J. S. Chu, P. Cooke, J. W. Gray, S. Li, F. F. Chen, Nano Lett., 2006, 6, 1059 |
| Библиографическая ссылка | L. Wang, W. H. Tan, Nano Lett., 2006, 6, 84 |
| Библиографическая ссылка | T. R. Sathe, A. Agrawal, S. Nie, Anal. Chem., 2006, 78, 5627 |
| Библиографическая ссылка | R. C. Jin, Y. C. Cao, C. S. Thaxton, C. A. Mirkin, Small, 2006, 2, 375 |
| Библиографическая ссылка | X. H. Gao, S. Nie, Anal. Chem., 2004, 76, 2406 |
| Библиографическая ссылка | M. F. Frasco, N. Chaniotakis, Anal. Bioanal. Chem., 2010, 396, 229 |
| Библиографическая ссылка | C.-Y. Zhang, H.-C. Yeh, M. T. Kuroki, T.-H. Wang, Nat. Mater., 2005, 4, 826 |
| Библиографическая ссылка | C.-Y. Zhang, L. W. Johnson, Analyst, 2006, 131, 484 |
| Библиографическая ссылка | S. E. Irvine, T. Staudt, E. Rittweger, J. Engelhardt, S. W. Hell, Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 2008, 47, 2685 |
| Библиографическая ссылка | M. Faraday, Philos. Trans. R. Soc. London, 1857, 147, 145 |
| Библиографическая ссылка | S. Eustis, M. A. El-Sayed, Chem. Soc. Rev., 2006, 35, 209 |
| Библиографическая ссылка | K. A. Willets, R. P. Van Duyne, Annu. Rev. Phys. Chem., 2007, 58, 267 |
| Библиографическая ссылка | S. Schultz, D. R. Smith, J. J. Mock, D. A. Schultz, Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 996 |
| Библиографическая ссылка | J. Yguerabide, E. Yguerabide, Anal. Biochem., 1998, 262, 157 |
| Библиографическая ссылка | J. M. Nam, C. S. Thaxton, C. A. Mirkin, Science, 2003, 301, 1884 |
| Библиографическая ссылка | C. R. Yonzon, D. A. Stuart, X. Zhang, A. D. McFarland, C. L. Haynes, R. P. Van Duyne, Talanta, 2005, 67, 438 |
| Библиографическая ссылка | A. J. Haes, L. Chang, W. L. Klein, R. P. Van Duyne, J. Am. Chem. Soc., 2005, 127, 2264 |
| Библиографическая ссылка | D. L. Jeanmaire, R. P. Van Duyne, J. Electroanal. Chem. Interface Electrochem., 1997, 84, 1 |
| Библиографическая ссылка | C. L. Haynes, C. R. Yonzon, X. Zhang, R. P. Van Duyne, J. Raman Spectrosc., 2005, 36, 471 |
| Библиографическая ссылка | J. A. Dieringer, A. D. McFarland, N. C. Shah, D. A. Stuart, A. V. Whitney, C. R. Yonzon, M. A. Young, X. Zhang, R. P. Van Duyne, Faraday Discuss., 2006, 132, 9 |
| Библиографическая ссылка | J. Haes, C. L. Haynes, R. P. Van Duyne, Mater. Res. Soc. Symp. Proc., 2001, 636, D4.8 |
| Библиографическая ссылка | C. R. Yonzon, E. Jeoung, S. Zou, G. C. Schatz, M. Mrksich, R. P. Van Duyne, J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 12669 |
| Библиографическая ссылка | T. A. Taton, G. Lu, C. A. Mirkin, J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 5164 |
| Библиографическая ссылка | P. Bao, A. G. Frutos, C. Greef, J. Lahiri, U. Muller, T. C. Peterson, L. Warden, X. Xie, Anal. Chem., 2002, 74, 1792 |
| Библиографическая ссылка | T. A. Taton, C. A. Mirkin, R. L. Letsinger, Science, 2000, 289, 1757 |
| Библиографическая ссылка | B. Dubertret, M. Calame, A. J. Libchaber, Nat. Biotech., 2001, 19, 365 |
| Библиографическая ссылка | D. P. Bratu, Methods Mol. Biol., 2006, 319, 1 |
| Библиографическая ссылка | R. Elghanian, J. J. Storhoff, R. C. Mucic, R. L. Letsinger, C. A. Mirkin, Science, 1997, 277, 1078 |
| Библиографическая ссылка | J. N. Anker, W. P. Hall, O. Lyandres, N. C. Shah, J. Zhao, R. P. Van Duyne, Nat. Mater., 2008, 7, 442 |
| Библиографическая ссылка | B. M. Reinhard, S. Sheikholeslami, A. Mastroianni, A. P. Alivisatos, J. Liphardt, Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A., 2007, 104, 2667 |
| Библиографическая ссылка | C. Sonnichsen, B. M. Reinhard, J. Liphardt, A. P. Alivisatos, Nat. Biotechnol., 2005, 23, 741 |
| Библиографическая ссылка | J. Ni, R. J. Lipert, G. Brent Dawson, M. D. Porter, Anal. Chem., 1999, 71, 4903 |
| Библиографическая ссылка | E. Fort, S. Grésillon, J. Phys. D, 2008, 41, 013001 |
| Библиографическая ссылка | E. Le Moal, S. Lévêque-Fort, M.-C. Pottier, E. Fort, Nanotechnology, 2009, 20, 225502 |
| Библиографическая ссылка | S. M. Nie, S. R. Emery, Science, 1997, 275, 1102 |
| Библиографическая ссылка | K. Kneipp, Y. Wang, H. Kneipp, L. T. Perelman, I. Itzkan, R. Dasari, M. S. Feld, Phys. Rev. Lett., 1997, 78, 1667 |
| Библиографическая ссылка | M. Culha, D. Stokes, L. R. Allain, T. Vo-Dinh, Anal. Chem., 2003, 75, 6196 |
| Библиографическая ссылка | K. Kneipp, A. S. Haka, H. Kneipp, K. Badizadegan, N. Yoshizawa, C. Boone, K. E. Shafer-Peltier, J. T. Motz, R. R. Dasari, M. S. Feld, Appl. Spectrosc., 2002, 56, 150 |
| Библиографическая ссылка | S. J. Oldenburg, S. L. Westcott, R. D. Averitt, N. J. Halas, J. Chem. Phys., 1999, 111, 4729 |
| Библиографическая ссылка | A. Hartschuh, E. J. Sanchez, X. S. Xie, L. Novotny, Phys. Rev. Lett., 2003, 90, 095503 |
| Библиографическая ссылка | J. Aizpurua, P. Hanarp, D. S. Sutherland, M. Kall, G. W. Bryant, F. J. G. de Abajo, Phys. Rev. Lett., 2003, 90, 057401 |
| Библиографическая ссылка | Y. Lu, G. L. Liu, J. Kim, Y. X. Mejia, L. P. Lee, Nano Lett., 2005, 5, 119 |
| Библиографическая ссылка | G. L. Liu, Y. Lu, J. Kim, J. C. Doll, L. P. Lee, Adv. Mater., 2005, 17, 2683 |
| Библиографическая ссылка | K. Kneipp, H. Kneipp, I. Itzkan, R. R. Dasari, M. S. Feld, Chem. Rev., 1999, 99, 2957 |
| Библиографическая ссылка | L. A. Gearheart, H. J. Ploehn, C. J. Murphy, J. Phys. Chem. B., 2001, 105, 12609 |
| Библиографическая ссылка | J. Wang, Trends Anal. Chem., 2002, 21, 226 |
| Библиографическая ссылка | P. Singhal, W. G. Kuhr, Anal. Chem, 1997, 69, 4828 |
| Библиографическая ссылка | J. Wang, Electroanalysis, 2005, 17, 7 |
| Библиографическая ссылка | M. J. Schoning, A. Phoghossian, Analyst, 2002, 127, 1137 |
| Библиографическая ссылка | F. Pouthas, C. Gentil, D. Cote, U. Bockelmann, Appl. Phys. Lett., 2004, 84, 1594 |
| Библиографическая ссылка | A. Star, E. Tu, J. Niemann, J. P. Gabriel, C. S. Joiner, C. Valcke, Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A., 2006, 104, 921 |
| Библиографическая ссылка | J. Hahm, C. Lieber, Nano Lett., 2004, 4, 51 |
| Библиографическая ссылка | X. Tang, S. Bansaruntip, N. Nakayama, E. Yenilmez, Y. Chang, Q. Wang, Nano Lett., 2006, 6, 1632 |
| Библиографическая ссылка | A. J. S. Ahammad, J. -J. Lee, Md. Aminur Rahman, Sensors, 2009, 9, 2289 |
| Библиографическая ссылка | K. A. Williams, P. T. M. Veenhuizen, B. G. Torre, R. Eritja, C. Dekker, Nature, 2002, 420, 761 |
| Библиографическая ссылка | S. E. Baker, W. Cai, T. L. Lasseter, K. P. Weidkamp, R. J. Hamers, Nano Lett., 2002, 2, 1413 |
| Библиографическая ссылка | Y. Yang, Z. Wang, M. Yang, J. Li, F. Zheng, G. Shen, R. Yu, Anal. Chim. Acta, 2007, 584, 268 |
| Библиографическая ссылка | W. Zhang, T. Yang, D. M. Huang, K. Jiao, Chin. Chem. Lett., 2008, 19, 589 |
| Библиографическая ссылка | H. Ma, L. Zhang, Y. Pan, K. Zhang, Y. A. Zhang, Electroanalysis, 2008, 20, 1220 |
| Библиографическая ссылка | S. Niu, M. Zhao, L. Hu, S. Zhang, Sens. Actuators, B, 2008, 135, 200 |
| Библиографическая ссылка | A. Erdem, P. Papakonstantinou, H. Murphy, Anal. Chem., 2006, 78, 6656 |
| Библиографическая ссылка | H. Qi, X. Li, Chen, C. Pei Zhang, Talanta, 2007, 72, 1030 |
| Библиографическая ссылка | Z. Chang, H. Fan, K. Zhao, M. Chen, P. He, Y. Fang, Electroanalysis, 2008, 20, 131 |
