| Автор | Green, Darren V. S. |
| Дата выпуска | 2012 |
| ISBN | 978-1-84973-166-9 |
| dc.description | In this chapter, underlying methods for the quantitative evaluation of molecular similarity and diversity are described. The development, evolution and effectiveness of the various approaches are discussed, from the molecular graph similarity of two molecules through to modern day concepts such as chemogenomics, which seek to relate both molecular structure and protein similarity. The computational integration of molecular diversity or similarity and concepts such as drug likeness are explained. The application of these computational methods to library design, handling of combinatorial problems and the introduction of multi-objective design methods are covered in detail. The chapter also covers more strategic aspects of how a large screening collection should be constructed for maximum utility. The author concludes with some thoughts on what issues remain and where the subject area might head in the future. |
| Формат | application.pdf |
| Издатель | Royal Society of Chemistry |
| Название | Chapter 14. Design of Chemical Libraries |
| Тип | other |
| DOI | 10.1039/9781849733410-00367 |
| Print ISSN | 2041-3203 |
| Журнал | Drug Design Strategies: Quantitative Approaches |
| Первая страница | 367 |
| Последняя страница | 396 |
| Библиографическая ссылка | S. W. Djuric, I. Akritopoulou-Zante, P. B. Cox, S. Galasinski, Annu. Rep. Med. Chem., 2010, 45, 409 |
| Библиографическая ссылка | M. M. Hann, R. H. Green, Curr. Opin. Chem. Biol., 1999, 3, 379 |
| Библиографическая ссылка | P. Willett, Curr. Opin. Biotechnol., 2000, 11, 85 |
| Библиографическая ссылка | M. S. Lajiness, Perspect. Drug Discovery Des., 1997, 7, 65 |
| Библиографическая ссылка | P. Willett, V. Winterman, D. Bawden, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1986, 26, 109 |
| Библиографическая ссылка | E. M. Gordon, M. A. Gallop, D. V. Patel, Acc. Chem. Res., 1996, 29, 144 |
| Библиографическая ссылка | V. J. Gillet, P. Willet, J. Bradshaw, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1997, 37, 731 |
| Библиографическая ссылка | R. S. Pearlman, K. M. Smith, Perspect. Drug Discovery Des., 1998, 9, 339 |
| Библиографическая ссылка | Y. C. Martin, J. Comb. Chem., 2001, 3, 231 |
| Библиографическая ссылка | C. A. Lipinski, F. Lombardo, Adv. Drug Delivery Rev., 1997, 23, 3 |
| Библиографическая ссылка | C. A. Nicolaou, N. Brown, C. S. Pattichis, Curr. Opin. Drug Discovery Dev., 2007, 10, 316 |
| Библиографическая ссылка | N. Nikolova, J. Jaworska, QSAR Comb. Sci., 2003, 22, 1006 |
| Библиографическая ссылка | D. V. S. Green, Expert. Opin. Drug Discovery, 2008, 3, 1011 |
| Библиографическая ссылка | C. McInnes, Curr. Opin. Chem. Biol., 2007, 11, 494 |
| Библиографическая ссылка | G. B. McGaughey, R. P. Sheridan, C. I. Bayly, J. C. Culberson, C. Kreatsoulas, S. Lindsley, V. Maiorov, J.-F Truchon, W. D. Cornell, J. Chem. Inf. Model., 2007, 47, 1504 |
| Библиографическая ссылка | A. Nicholls, J. Comput. Aided. Mol. Des., 2008, 22, 239 |
| Библиографическая ссылка | M. J. Stoermer, Med. Chem., 2006, 2, 89, 112 |
| Библиографическая ссылка | D. Rognan, B. J. Pharmacol., 2007, 152, 38, 52 |
| Библиографическая ссылка | H.-J. Roth, Curr. Opin. Chem. Biol., 2005, 9, 293 |
| Библиографическая ссылка | G. Harper, S. D. Pickett, D. V. S. Green, Comb. Chem. High Throughput Screening, 2004, 7, 63 |
| Библиографическая ссылка | P. Willett, J. M. Barnard, G. Downs, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1998, 38, 938, 996 |
| Библиографическая ссылка | G. W. Adamson, J. A. Bush, Inform. Stor. Retr., 1973, 9, 561 |
| Библиографическая ссылка | G. W. Adamson, J. A. Bush, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1975, 15, 1 |
| Библиографическая ссылка | R. E. Carhart, D. H. Smith, R. Venkataraghavan, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1985, 25, 65 |
| Библиографическая ссылка | P. Willett, V. Winterman, Quant. Struct.-Act. Relat., 1986, 5, 18 |
| Библиографическая ссылка | Y. C. Martin, J. L. Kofron, L. M. Traphagen, J. Med. Chem., 2002, 45, 4350 |
| Библиографическая ссылка | R. P. Sheridan, S. K. Kearsley, Drug Discovery Today, 2002, 7, 903 |
| Библиографическая ссылка | P. Gund, Prog. Mol. Subcell. Biol, 1977, 5, 117 |
| Библиографическая ссылка | S. D. Pickett, J. S. Mason, I. M. McLay, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36, 1214 |
| Библиографическая ссылка | A. Nicholls, G. B. McGaughey, R. P. Sheridan, A. C. Good, G. Warren, M. Mathieu, S. W. Muchmore, S. P. Brown, J. A. Grant, J. A. Haigh, N. Nevins, A. N. Jain, B. Kelley, J. Med. Chem., 2010, 53, 3862 |
| Библиографическая ссылка | T. Cheeseright, M. Mackey, S. Rose, A. Vinter, Expert Opin. Drug Discovery, 2007, 2, 131 |
| Библиографическая ссылка | J. S. Duca, A. J. Hopfinger, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 1367 |
| Библиографическая ссылка | G. Scheider, W. Neidhart, T. Giller, G. Schmid, Angew. Chem. Int. Ed., 1999, 38, 2894 |
| Библиографическая ссылка | G. Harper, G. S. Bravi, S. D. Pickett, J. Hussain, D. V. S. Green, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004, 44, 2145 |
| Библиографическая ссылка | M. Rarey, J. S. Dixon, J. Comput. Aided Mol. Des., 1998, 12, 471 |
| Библиографическая ссылка | U. Fechner, L. Franke, S. Renner, P. Schneider, G. Schneider, J. Comput. Aided Mol. Des., 2003, 17, 687 |
| Библиографическая ссылка | G. Lauri, P. Bartlett, J. Comput. Aided Mol. Des., 1994, 8, 51 |
| Библиографическая ссылка | R. S. Bohacek, C. McMartin, W. C. Guida, Med. Res. Rev., 1996, 16, 3 |
| Библиографическая ссылка | T. Fink, J.-L. Reymond, J. Chem. Inf. Model., 2007, 47, 342 |
| Библиографическая ссылка | R. Macarron, M. N. Banks, D. Bojanic, D. J. Burns, D. A. Cirovic, T. Garyantes, D. V. S. Green, R. P. Hertzberg, W. P. Janzen, J. W. Paslay, U. Schopfer, G. Sitta Sittampalam, Nat. Rev. Drug Discovery, 2011, 10, 188 |
| Библиографическая ссылка | M. Snarey, N. K. Terrett, P. Willett, D. J. Wilton, J. Mol. Graphics Modell., 1997, 15, 372 |
| Библиографическая ссылка | E. J. Martin, J. M. Blaney, M. A. Siani, D. C. Spellmayer, A. K. Wong, W. H. Moos, J. Med. Chem., 1995, 38, 1431 |
| Библиографическая ссылка | D. B. Turner, S. M. Tyrell, P. Willett, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1997, 37, 18 |
| Библиографическая ссылка | M. Waldman, H. Li, M. Hassan, J. Mol. Graphics Modell., 2000, 18, 412 |
| Библиографическая ссылка | R. Taylor, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1995, 35, 59 |
| Библиографическая ссылка | A.-D. Gorse, Curr. Top. Med. Chem., 2006, 6, 3 |
| Библиографическая ссылка | E. A. Winter, C. C. Moallemi, J. Med. Chem., 2000, 43, 1993 |
| Библиографическая ссылка | T. L. Oprea, J. Gottfries, J. Comb. Chem., 2001, 3, 157 |
| Библиографическая ссылка | K. T. Nguyen, L. C. Blum, R. van Deursen, J.-L. Reymond, ChemMedChem., 2009, 4, 1803 |
| Библиографическая ссылка | D. E. Patterson, R. D. Cramer, A. M. Ferguson, R. D. Clark, L. E. Weinberger, J. Med. Chem., 1996, 39, 3049 |
| Библиографическая ссылка | A. Schuffenhauer, N. Brown, Drug Discovery Today, 2006, 3, 387 |
| Библиографическая ссылка | R. Nilakantan, F. Immermann, K. Haraki, Comb. Chem. High Throughput Screening, 2002, 5, 105 |
| Библиографическая ссылка | M. J. Lipkin, A. P. Stevens, D. J. Livingstone, C. J. Harris, Comb. Chem. High Throughput Screening, 2008, 11, 482 |
| Библиографическая ссылка | M. Krier, G. Bret, D. Rognan, J. Chem. Inf. Model., 2006, 46, 512 |
| Библиографическая ссылка | S. Renner, W. A. L. van, Otterlo, M. Dominguez Seoane, S. Möcklinghoff, B. Hofmann, S. Wetzel, A. Schuffenhauer, P. Ertl, T. I. Oprea, D. Steinhilber, L. Brunsveld, D. Rauh, H. Waldmann, Nat. Chem. Biol., 2009, 5, 585 |
| Библиографическая ссылка | M. A. Koch, A. Schuffenhauer, M. Scheck, S. Wetzel, M. Casaulta, A. Odermatt, P. Ertl, H. Waldmann, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2005, 102, 17272 |
| Библиографическая ссылка | E. Jacoby, A. Mozzarelli, Curr. Med. Chem., 2009, 16, 4374 |
| Библиографическая ссылка | S. J. Shuttleworth, R. V. Connors, J. Fu, J. Liu, M. E. Lizarzaburu, W. Qiu, R. Sharma, M. Wañska, A. J. Zhang, Curr. Med. Chem., 2005, 12, 1239 |
| Библиографическая ссылка | R. Crossley, Curr. Top. Med. Chem., 2004, 4, 581 |
| Библиографическая ссылка | V. Birault, C. J. Harris, J. Le, M. Lipkin, R. Nerella, A. Stevens, Curr. Med. Chem., 2006, 13, 1735 |
| Библиографическая ссылка | J. F. Lowrie, R. K. Delisle, D. W. Hobbs, D. J. Diller, Comb. Chem. High Throughput Screening, 2004, 7, 495 |
| Библиографическая ссылка | A. M. Aronov, B. McClain, C. Stuver Moody, M. A. Murcko, J. Med. Chem., 2008, 51, 1214 |
| Библиографическая ссылка | E. Gregori-Puigjane, J. Mestres, Curr. Opin. Chem. Biol., 2008, 12, 359 |
| Библиографическая ссылка | D. M. Schnur, M. A. Hermsmeier, A. J. Tebben, J. Med. Chem., 2006, 49, 2000 |
| Библиографическая ссылка | J. Hert, J. J. Irwin, C. Laggner, M. J. Keiser, B. K. Shoichet, Nat. Chem. Biol., 2009, 5, 479 |
| Библиографическая ссылка | P. S. Charifson, W. P. Walters, Mol. Diversity, 2000, 5, 185 |
| Библиографическая ссылка | J. R. Huth, R. Mendoza, E. T. Olejniczak, R. W. Johnson, D. A. Cothron, Y. Liu, C. G. Lerner, J. Chen, P. J. Hajduk, J. Am. Chem. Soc., 2005, 127, 217 |
| Библиографическая ссылка | M. Hann, B. Hudson, X. Lewell, R. Lifely, L. Miller, N. Ramsden, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1999, 39, 897 |
| Библиографическая ссылка | J. B. Baell, G. A. Holloway, J. Med. Chem., 2010, 53, 2719 |
| Библиографическая ссылка | M. Lajiness, G. Maggiora, V. Shanmugasundaram, J. Med. Chem., 2004, 47, 4891 |
| Библиографическая ссылка | V. J. Gillet, P. Willett, J. Bradshaw, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1998, 38, 165 |
| Библиографическая ссылка | J. Sadowski, H. Kubinyi, J. Med. Chem., 1998, 41, 3325 |
| Библиографическая ссылка | A. Ajay, W. P. Walters, M. A. Murcko, J. Med. Chem., 1998, 41, 3314 |
| Библиографическая ссылка | O. Ursu, T. I. Oprea, J. Chem. Inf. Model., 2010, 50, 1387 |
| Библиографическая ссылка | M. M. Hann, A. R. Leach, G. Harper, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 856 |
| Библиографическая ссылка | T. I. Oprea, J. Comp.-Aided. Mol. Des., 2002, 16, 325 |
| Библиографическая ссылка | M. Congreve, R. Carr, C. Murray, H. Johti, Drug Discovery Today, 2003, 8, 876 |
| Библиографическая ссылка | D. V. S. Green, S. D. Pickett, Mini Rev. Med. Chem., 2004, 4, 1067 |
| Библиографическая ссылка | D. J. Newman, J. Med. Chem., 2008, 51, 2589 |
| Библиографическая ссылка | K. Grabowski, K.-H. Baringhaus, G. Schneider, Nat. Prod. Rep., 2008, 25, 892 |
| Библиографическая ссылка | M. Kaiser, S. Wetzel, K. Kumar, H. Waldmann, Cell. Mol. Life Sci., 2008, 65, 1186 |
| Библиографическая ссылка | K. Kumar, H. Waldmann, Angew. Chem. Int. Ed., 2009, 48, 3224 |
| Библиографическая ссылка | P. Ertl, S. Roggo, A. Schffenhauer, J. Chem. Inf. Model., 2008, 48, 68 |
| Библиографическая ссылка | F. Lovering, J. Bikker, C. Humblet, J. Med. Chem., 2009, 52, 6752 |
| Библиографическая ссылка | W. Zheng, S. J. Cho, A. Tropsha, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1998, 38, 251 |
| Библиографическая ссылка | G. Bravi, D. V. S. Green, M. M. Hann, A. R. Leach, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2000, 40, 1441 |
| Библиографическая ссылка | A. C. Good, R. A. Lewis, J. Med. Chem., 1997, 40, 3926 |
| Библиографическая ссылка | R. D. Brown, Y. C. Martin, J. Med. Chem., 1997, 40, 2304 |
| Библиографическая ссылка | J.-F. Truchon, C. I. Bayly, J. Chem. Inf. Model., 2006, 46, 1536 |
| Библиографическая ссылка | V. J. Gillet, W. Khatib, P. Willett, P. J. Fleming, D. V. S. Green, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2002, 42, 375 |
| Библиографическая ссылка | T. Wright, V. J. Gillet, D. V. S. Green, S. D. Pickett, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2003, 43, 381 |
| Библиографическая ссылка | A. Schuffenhauer, M. Popov, U. Schopfer, P. Acklin, J. Stanek, E. Jacoby, Comb. Chem. High Throughput Screening, 2004, 7, 771 |
| Библиографическая ссылка | M. J. Stocks, G. R. H. Wilden, G. Pairaudeau, M. W. D. Perry, J. Steele, J. P. Stonehouse, ChemMedChem., 2009, 4, 800 |
| Библиографическая ссылка | M. A. Clark, R. A. Acharya, C. C. Arico-Muendel, S. L. Belyanskaya, D. R. Benjamin, N. R. Carlson, P. A. Centrella, C. H. Chiu, S. P. Creaser, J. W. Cuozzo, C. P. Davie, Y. Ding, G. J. Franklin, K. D. Franzen, M. L. Gefter, S. P. Hale, N. J. V. Hansen, D. I. Israel, J. Jiang, M. J. Kavarana, M. S. Kelley, C. S. Kollmann, F. Li, K. Lind, S. Mataruse, P. F. Medeiros, J. A. Messer, P. Myers, H. Oâ Keefe, M. C. Oliff, C. E. Rise, A. L. Satz, S. R. Skinner, J. L. Svendsen, L. Tang, K. van Vloten, R. W. Wagner, G. Yao, B. Zhao, B. A. Morgan, Nat. Chem. Biol., 2009, 9, 647 |
| Библиографическая ссылка | S. Dandapani, L. A. Marcaurelle, Curr. Opin. Chem. Biol., 2010, 14, 362 |
