Мобильная версия

Доступно журналов:

3 288

Доступно статей:

3 891 637

 

Скрыть метаданые

Автор Flower, Darren R.
Дата выпуска 2012
ISBN 978-1-84973-166-9
dc.description The human genome, and the genomes derived from an ever burgeoning host of other organisms from pathogenic microbes to farm animals and staple crops, should bring a bounty of unprecedented potential for both understanding life and for manipulating it to our benefit. One area that should profit above all others is the identification of new therapeutic small molecule drugs, large molecule biologics, and vaccines. In this chapter we adumbrate some of the more pertinent issues and a few of the delivered milestones, and we explore the potentialities of the intersection of genomics and the discovery of medicines. More specifically, we assess the degree to which genomics and systems biology have changed the way that drugs and biological targets are discovered. To this end we review the emergence of novel technical and often high-throughput means of addressing the discovery process, including theoretical disciplines, such as bioinformatics and molecular modelling, as well as experimental techniques, such as transcriptomics and X-ray crystallography. Likewise, we explore the emergence of new kinds of drug and drug discovery approaches, such as drug repurposing and personal medicine, which have emerged in the nascent post-genomic world. In a world of turmoil and distress, genomics continues to offer the hope of a better tomorrow, improved treatments for patients and new ways for companies large and small to prosper.
Формат application.pdf
Издатель Royal Society of Chemistry
Название Chapter 15. The Impact of Genomics, Systems Biology, and Bioinformatics on Drug and Target Discovery: Challenge and Opportunity
Тип other
DOI 10.1039/9781849733410-00397
Print ISSN 2041-3203
Журнал Drug Design Strategies: Quantitative Approaches
Первая страница 397
Последняя страница 439
Библиографическая ссылка W. Fiers, R. Contreras, F. Duerinck, G. Haegeman, D. Iserentant, J. Merregaert, W. Min Jou, F. Molemans, A. Raeymaekers, A. Van den Berghe, G. Volckaert, M. Ysebaert, Nature, 1976, 260, 500, 507
Библиографическая ссылка W. Min Jou, G. Haegeman, M. Ysebaert, W. Fiers, Nature, 1972, 237, 82, 88
Библиографическая ссылка F. Sanger, G. M. Air, B. G. Barrell, N. L. Brown, A. R. Coulson, C. A. Fiddes, C. A. Hutchison, P. M. Slocombe, M. Smith, Nature, 1977, 265, 687, 695
Библиографическая ссылка R. D. Fleischmann, M. D. Adams, O. White, R. A. Clayton, E. F. Kirkness, A. R. Kerlavage, C. J. Bult, J. F. Tomb, B. A. Dougherty, J. M. Merrick et al., et al., Science, 1995, 269, 496, 512
Библиографическая ссылка C. Southan, Proteomics, 2004, 4, 1712, 1726
Библиографическая ссылка K. J. Nordstrom, M. A. Mirza, T. P. Larsson, D. E. Gloriam, R. Fredriksson, H. B. Schioth, Biochem. Biophys. Res. Commun., 2006, 348, 1063, 1074
Библиографическая ссылка M. Clamp, B. Fry, M. Kamal, X. Xie, J. Cuff, M. F. Lin, M. Kellis, K. Lindblad-Toh, E. S. Lander, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2007, 104, 19428, 19433
Библиографическая ссылка J. Cohen, I. Stewart, Nature, 2001, 409, 1119, 1122
Библиографическая ссылка F. Aguero, B. Al-Lazikani, M. Aslett, M. Berriman, F. S. Buckner, R. K. Campbell, S. Carmona, I. M. Carruthers, A. W. Chan, F. Chen, G. J. Crowther, M. A. Doyle, C. Hertz-Fowler, A. L. Hopkins, G. McAllister, S. Nwaka, J. P. Overington, A. Pain, G. V. Paolini, U. Pieper, S. A. Ralph, A. Riechers, D. S. Roos, A. Sali, D. Shanmugam, T. Suzuki, W. C. Van Voorhis, C. L. Verlinde, Nat. Rev. Drug Discovery, 2008, 7, 900, 907
Библиографическая ссылка J. P. Overington, B. Al-Lazikani, A. L. Hopkins, Nat. Rev. Drug Discovery, 2006, 5, 993, 996
Библиографическая ссылка D. R. Flower, T. K. Attwood, Semin. Cell. Dev. Biol., 2004, 15, 693, 701
Библиографическая ссылка L. A. Doyle, W. Yang, L. V. Abruzzo, T. Krogmann, Y. Gao, A. K. Rishi, D. D. Ross, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998, 95, 15665, 15670
Библиографическая ссылка C. J. Jeffery, Mol. Biosyst., 2009, 5, 345, 350
Библиографическая ссылка C. J. Jeffery, Curr. Opin. Struct. Biol., 2004, 14, 663, 668
Библиографическая ссылка C. J. Jeffery, Trends Genet., 2003, 19, 415, 417
Библиографическая ссылка C. J. Jeffery, Trends Biochem. Sci., 1999, 24, 8, 11
Библиографическая ссылка S. Stankovic, N. Majkic-Singh, Crit. Rev. Cl. Lab. Sci., 2010, 47, 72, 123
Библиографическая ссылка L. M. Caronia, C. Martin, C. K. Welt, G. P. Sykiotis, R. Quinton, A. Thambundit, M. Avbelj, S. Dhruvakumar, L. Plummer, V. A. Hughes, S. B. Seminara, P. A. Boepple, Y. Sidis, W. F. Crowley Jr., K. A. Martin, J. E. Hall, N. Pitteloud, N. Engl. J. Med., 2011, 364, 215, 225
Библиографическая ссылка X. Wang, B. N. Chorley, G. S. Pittman, S. R. Kleeberger, J. Brothers 2nd, G. Liu, A. Spira, D. A. Bell, PLoS One, 2010, 5, e11934
Библиографическая ссылка W. Doerfler, Epigenetics, 2008, 3, 125, 133
Библиографическая ссылка P. Kahn, Science, 1995, 270, 369, 370
Библиографическая ссылка H. Keren, G. Lev-Maor, G. Ast, Nat. Rev. Genet., 2010, 11, 345, 355
Библиографическая ссылка F. B. Perler, E. O. Davis, G. E. Dean, F. S. Gimble, W. E. Jack, N. Neff, C. J. Noren, J. Thorner, M. Belfort, Nucleic Acids Res., 1994, 22, 1125, 1127
Библиографическая ссылка F. B. Perler, Nucleic Acids Res., 2002, 30, 383, 384
Библиографическая ссылка F. B. Perler, Nucleic Acids Res., 2000, 28, 344, 345
Библиографическая ссылка F. B. Perler, Nucleic Acids Res., 1999, 27, 346, 347
Библиографическая ссылка V. C. Wasinger, S. J. Cordwell, A. Cerpa-Poljak, J. X. Yan, A. A. Gooley, M. R. Wilkins, M. W. Duncan, R. Harris, K. L. Williams, I. Humphery-Smith, Electrophoresis, 1995, 16, 1090, 1094
Библиографическая ссылка N. G. Anderson, L. Anderson, Clin. Chem., 1982, 28, 739, 748
Библиографическая ссылка C. M. Murray, R. Hutchinson, J. R. Bantick, G. P. Belfield, A. D. Benjamin, D. Brazma, R. V. Bundick, I. D. Cook, R. I. Craggs, S. Edwards, L. R. Evans, R. Harrison, E. Holness, A. P. Jackson, C. G. Jackson, L. P. Kingston, M. W. Perry, A. R. Ross, P. A. Rugman, S. S. Sidhu, M. Sullivan, D. A. Taylor-Fishwick, P. C. Walker, Y. M. Whitehead, D. J. Wilkinson, A. Wright, D. K. Donald, Nat. Chem. Biol., 2005, 1, 371, 376
Библиографическая ссылка M. Pawlak, M. F. Templin, D. Stoll, T. O. Joos, Chim. Oggi., 2007, 25, 62
Библиографическая ссылка M. F. Templin, D. Stoll, M. Schrenk, P. C. Traub, C. F. Vohringer, T. O. Joos, Drug Discovery Today, 2002, 7, 815, 822
Библиографическая ссылка M. F. Templin, D. Stoll, M. Schrenk, P. C. Traub, C. F. Vohringer, T. O. Joos, Trends Biotechnol., 2002, 20, 160, 166
Библиографическая ссылка J. Walker, D. Flower, K. Rigley, Curr. Opin. Hematol., 2002, 9, 23, 29
Библиографическая ссылка P. S. Andrews, S. Schneider, E. Yang, M. Michaels, H. Chen, J. Tang, R. Emkey, Assay Drug Dev Techn., 2010, 8, 471, 487
Библиографическая ссылка W. R. Pearson, Methods Mol. Biol., 1994, 24, 307, 331
Библиографическая ссылка W. R. Pearson, Genomics, 1991, 11, 635, 650
Библиографическая ссылка W. R. Pearson, Methods Enzymol., 1990, 183, 63, 98
Библиографическая ссылка S. F. Altschul, J. C. Wootton, E. M. Gertz, R. Agarwala, A. Morgulis, A. A. Schaffer, Y. K. Yu, FEBS J., 2005, 272, 5101, 5109
Библиографическая ссылка S. F. Altschul, T. L. Madden, A. A. Schaffer, J. Zhang, Z. Zhang, W. Miller, D. J. Lipman, Nucleic Acids Res., 1997, 25, 3389, 3402
Библиографическая ссылка S. F. Altschul, J. Mol. Evol., 1993, 36, 290, 300
Библиографическая ссылка S. F. Altschul, D. J. Lipman, Proc. Natl. Acad Sci U. S. A., 1990, 87, 5509, 5513
Библиографическая ссылка A. D. Baxevanis, Nucleic Acids Res., 2003, 31, 1, 12
Библиографическая ссылка A. D. Baxevanis, Nucleic Acids Res., 2002, 30, 1, 12
Библиографическая ссылка A. D. Baxevanis, Nucleic Acids Res., 2001, 29, 1, 10
Библиографическая ссылка A. D. Baxevanis, Nucleic Acids Res., 2000, 28, 1, 7
Библиографическая ссылка M. Linial, Trends Biotechnol., 2003, 21, 298, 300
Библиографическая ссылка W. R. Gilks, B. Audit, D. de Angelis, S. Tsoka, C. A. Ouzounis, Math. Biosci., 2005, 193, 223, 234
Библиографическая ссылка W. R. Gilks, B. Audit, D. De Angelis, S. Tsoka, C. A. Ouzounis, Bioinformatics, 2002, 18, 1641, 1649
Библиографическая ссылка T. K. Attwood, Int. J Biochem. Cell Biol., 2000, 32, 139, 155
Библиографическая ссылка W. N. Grundy, T. L. Bailey, C. P. Elkan, Comput. Appl. Biosci., 1996, 12, 303, 310
Библиографическая ссылка I. Jonassen, Comput. Appl. Biosci., 1997, 13, 509, 522
Библиографическая ссылка L. Holm, P. Rosenstrom, Nucleic Acids Res., 2010, 38, W545, 549
Библиографическая ссылка L. Holm, C. Sander, Nucleic Acids Res., 1998, 26, 316, 319
Библиографическая ссылка L. Holm, C. Sander, Nucleic Acids Res., 1997, 25, 231, 234
Библиографическая ссылка L. Holm, C. Sander, Trends Biochem. Sci., 1995, 20, 478, 480
Библиографическая ссылка M. Veeramalai, D. Gilbert, G. Valiente, BMC Bioinformatics, 2010, 11, 138
Библиографическая ссылка I. Michalopoulos, G. M. Torrance, D. R. Gilbert, D. R. Westhead, Nucleic Acids Res., 2004, 32, D251, 254
Библиографическая ссылка D. Gilbert, D. Westhead, J. Viksna, J. Thornton, Comput. Chem., 2001, 26, 23, 30
Библиографическая ссылка D. Gilbert, D. Westhead, N. Nagano, J. Thornton, Bioinformatics, 1999, 15, 317, 326
Библиографическая ссылка G. Lev-Maor, A. Goren, N. Sela, E. Kim, H. Keren, A. Doron-Faigenboim, S. Leibman-Barak, T. Pupko, G. Ast, PLoS Genet., 2007, 3, e203
Библиографическая ссылка E. Koren, G. Lev-Maor, G. Ast, PLoS Comput Biol, 2007, 3, e95
Библиографическая ссылка A. Goren, O. Ram, M. Amit, H. Keren, G. Lev-Maor, I. Vig, T. Pupko, G. Ast, Mol. Cell, 2006, 22, 769, 781
Библиографическая ссылка R. Sorek, G. Lev-Maor, M. Reznik, T. Dagan, F. Belinky, D. Graur, G. Ast, Mol. Cell, 2004, 14, 221, 231
Библиографическая ссылка Y. Peleg, T. Unger, Methods Mol. Biol., 2008, 426, 197, 208
Библиографическая ссылка C. Romier, M. Ben Jelloul, S. Albeck, G. Buchwald, D. Busso, P. H. Celie, E. Christodoulou, V. De Marco, S. van Gerwen, P. Knipscheer, J. H. Lebbink, V. Notenboom, A. Poterszman, N. Rochel, S. X. Cohen, T. Unger, J. L. Sussman, D. Moras, T. K. Sixma, A. Perrakis, Acta Crystallogr., Sect. D Biol. Crystallogr., 2006, 62, 1232, 1242
Библиографическая ссылка P. M. Alzari, H. Berglund, N. S. Berrow, E. Blagova, D. Busso, C. Cambillau, V. Campanacci, E. Christodoulou, S. Eiler, M. J. Fogg, G. Folkers, A. Geerlof, D. Hart, A. Haouz, M. D. Herman, S. Macieira, P. Nordlund, A. Perrakis, S. Quevillon-Cheruel, F. Tarandeau, H. van Tilbeurgh, T. Unger, M. P. Luna-Vargas, M. Velarde, M. Willmanns, R. J. Owens, Acta. Crystallogr., Sect. D Biol. Crystallogr., 2006, 62, 1103, 1113
Библиографическая ссылка H. Walden, Acta Crystallogr., Sect. D Biol. Crystallogr., 2010, 66, 352, 357
Библиографическая ссылка N. E. Chayen, Adv. Protein Chem. Struct. Biol., 2009, 77, 1, 22
Библиографическая ссылка R. Meged, O. Dym, J. L. Sussman, Methods Mol. Biol., 2008, 426, 411, 418
Библиографическая ссылка M. Hiraki, R. Kato, M. Nagai, T. Satoh, S. Hirano, K. Ihara, N. Kudo, M. Nagae, M. Kobayashi, M. Inoue, T. Uejima, S. Oda, L. M. Chavas, M. Akutsu, Y. Yamada, M. Kawasaki, N. Matsugaki, N. Igarashi, M. Suzuki, S. Wakatsuki, Acta Crystallogr., Sect. D Biol. Crystallogr., 2006, 62, 1058, 1065
Библиографическая ссылка F. Li, H. Robinson, E. S. Yeung, Anal. Bioanal. Chem., 2005, 383, 1034, 1041
Библиографическая ссылка C. Cumbaa, I. Jurisica, J. Struct. Funct. Genomics, 2005, 6, 195, 202
Библиографическая ссылка R. Hui, A. Edwards, J. Struct. Biol., 2003, 142, 154, 161
Библиографическая ссылка M. J. Fogg, A. J. Wilkinson, Biochem. Soc. Trans., 2008, 36, 771, 775
Библиографическая ссылка P. Smialowski, D. Frishman, Methods Mol. Biol., 2010, 609, 385, 400
Библиографическая ссылка C. A. Smith, A. E. Cohen, JALA Charlottesv Va, 2008, 13, 335, 343
Библиографическая ссылка A. Joachimiak, Curr. Opin. Struct. Biol., 2009, 19, 573, 584
Библиографическая ссылка Y. Gu, C. Zheng, Y. Zhao, H. Ke, H. Fan, Acta Crystallogr., Sect. D. Biol. Crystallogr., 1997, 53, 792, 794
Библиографическая ссылка C. J. Gilmore, Acta Crystallogr., Sect. D Biol. Crystallogr., 2000, 56, 1205, 1214
Библиографическая ссылка I. Uson, G. M. Sheldrick, Curr. Opin. Struct. Biol., 1999, 9, 643, 648
Библиографическая ссылка J. Karle, Acta Crystallogr., Sect. A Fundam. Crystallogr., 1989, 45, 11, 765, 781
Библиографическая ссылка P. J. Hajduk, Mol. Interv., 2006, 6, 266, 272
Библиографическая ссылка S. B. Shuker, P. J. Hajduk, R. P. Meadows, S. W. Fesik, Science, 1996, 274, 1531, 1534
Библиографическая ссылка A. M. Petros, J. R. Huth, T. Oost, C. M. Park, H. Ding, X. Wang, H. Zhang, P. Nimmer, R. Mendoza, C. Sun, J. Mack, K. Walter, S. Dorwin, E. Gramling, U. Ladror, S. H. Rosenberg, S. W. Elmore, S. W. Fesik, P. J. Hajduk, Bioorg. Med. Chem. Lett., 2010, 20, 6587, 6591
Библиографическая ссылка C. Scheich, V. Puetter, M. Schade, J. Med Chem., 2010, 53, 23, 8362, 8367
Библиографическая ссылка A. C. Gibbs, M. C. Abad, X. Zhang, B. A. Tounge, F. A. Lewandowski, G. T. Struble, W. Sun, Z. Sui, L. C. Kuo, J. Med. Chem., 2010, 53, 7979, 7991
Библиографическая ссылка V. Fruh, Y. Zhou, D. Chen, C. Loch, E. Ab, Y. N. Grinkova, H. Verheij, S. G. Sligar, J. H. Bushweller, G. Siegal, Chem. Biol., 2010, 17, 881, 891
Библиографическая ссылка B. G. Olivier, J. L. Snoep, Bioinformatics, 2004, 20, 2143, 2144
Библиографическая ссылка J. L. Snoep, B. G. Olivier, Microbiology, 2003, 149, 3045, 3047
Библиографическая ссылка J. L. Snoep, B. G. Olivier, Mol. Biol. Rep., 2002, 29, 259, 263
Библиографическая ссылка L. H. Hartwell, J. J. Hopfield, S. Leibler, A. W. Murray, Nature, 1999, 402, C47, 52
Библиографическая ссылка E. M. Phizicky, S. Fields, Microbiol. Rev., 1995, 59, 94, 123
Библиографическая ссылка S. Shangary, S. Wang, Clin. Cancer Res., 2008, 14, 5318, 5324
Библиографическая ссылка C. Q. Hu, Y. Z. Hu, Curr. Med. Chem., 2008, 15, 1720, 1730
Библиографическая ссылка A. Domling, Curr. Opin. Chem. Biol., 2008, 12, 281, 291
Библиографическая ссылка L. T. Vassilev, Cell Cycle, 2004, 3, 419, 421
Библиографическая ссылка L. T. Vassilev, B. T. Vu, B. Graves, D. Carvajal, F. Podlaski, Z. Filipovic, N. Kong, U. Kammlott, C. Lukacs, C. Klein, N. Fotouhi, E. A. Liu, Science, 2004, 303, 844, 848
Библиографическая ссылка S. Shangary, D. Qin, D. McEachern, M. Liu, R. S. Miller, S. Qiu, Z. Nikolovska-Coleska, K. Ding, G. Wang, J. Chen, D. Bernard, J. Zhang, Y. Lu, Q. Gu, R. B. Shah, K. J. Pienta, X. Ling, S. Kang, M. Guo, Y. Sun, D. Yang, S. Wang, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 2008, 105, 3933, 3938
Библиографическая ссылка P. H. Kussie, S. Gorina, V. Marechal, B. Elenbaas, J. Moreau, A. J. Levine, N. P. Pavletich, Science, 1996, 274, 948, 953
Библиографическая ссылка K. Kojima, J. K. Burks, J. Arts, M. Andreeff, Mol. Cancer Ther., 2010, 9, 2545, 2557
Библиографическая ссылка R. Rossignol, T. Letellier, M. Malgat, C. Rocher, J. P. Mazat, Biochem. J., 2000, 347, 1, 45, 53
Библиографическая ссылка J. Howell, J.Allergy Clin. Immunol., 2005, 115, 882, 885
Библиографическая ссылка M. L. Bolognesi, A. Cavalli, C. Bergamini, R. Fato, G. Lenaz, M. Rosini, M. Bartolini, V. Andrisano, C. Melchiorre, J. Med. Chem., 2009, 52, 7883, 7886
Библиографическая ссылка T. Tomasic, N. Zidar, A. Kovac, S. Turk, M. Simcic, D. Blanot, M. Muller-Premru, M. Filipic, S. G. Grdadolnik, A. Zega, M. Anderluh, S. Gobec, D. Kikelj, L. Peterlin Masic, ChemMedChem, 2010, 5, 286, 295
Библиографическая ссылка Y. Rook, K. U. Schmidtke, F. Gaube, D. Schepmann, B. Wunsch, J. Heilmann, J. Lehmann, T. Winckler, J. Med. Chem., 2010, 53, 3611, 3617
Библиографическая ссылка S. A. Antoniu, M. R. Kolb, IDrugs, 2010, 13, 332, 345
Библиографическая ссылка R. Leon, J. Marco-Contelles, Curr. Med. Chem., 2011, 18, 552, 576
Библиографическая ссылка D. Boschi, M. Giorgis, C. Cena, N. C. Talniya, A. Di Stilo, G. Morini, G. Coruzzi, E. Guaita, R. Fruttero, A. Gasco, ChemMedChem, 2010, 5, 1444, 1449
Библиографическая ссылка M. L. Bolognesi, M. Bartolini, F. Mancini, G. Chiriano, L. Ceccarini, M. Rosini, A. Milelli, V. Tumiatti, V. Andrisano, C. Melchiorre, ChemMedChem, 2010, 5, 1215, 1220
Библиографическая ссылка C. R. Chong, D. J. Sullivan Jr., Nature, 2007, 448, 645, 646
Библиографическая ссылка J. K. Aronson, Br. J. Clin. Pharmacol., 2007, 64, 563, 565
Библиографическая ссылка M. S. Boguski, K. D. Mandl, V. P. Sukhatme, Science, 2009, 324, 1394, 1395
Библиографическая ссылка M. R. Bubb, JAMA-J. Am. Med. Assoc., 1998, 279, 1701, 1702
Библиографическая ссылка P. Danjou, L. Alexandre, D. Warot, L. Lacomblez, A. J. Puech, Br. J. Clin. Pharmacol., 1988, 26, 733, 739
Библиографическая ссылка J. Mulhall, Br. J. Urol., 1997, 79, 663, 664
Библиографическая ссылка M. J. Keiser, V. Setola, J. J. Irwin, C. Laggner, A. I. Abbas, S. J. Hufeisen, N. H. Jensen, M. B. Kuijer, R. C. Matos, T. B. Tran, R. Whaley, R. A. Glennon, J. Hert, K. L. Thomas, D. D. Edwards, B. K. Shoichet, B. L. Roth, Nature, 2009, 462, 175, 181
Библиографическая ссылка M. Kuhn, M. Campillos, I. Letunic, L. J. Jensen, P. Bork, Mol Syst Biol, 2010, 6, 343
Библиографическая ссылка M. Campillos, M. Kuhn, A. C. Gavin, L. J. Jensen, P. Bork, Science, 2008, 321, 263, 266
Библиографическая ссылка M. Kuhn, M. Campillos, P. Gonzalez, L. J. Jensen, P. Bork, FEBS Lett., 2008, 582, 1283, 1290
Библиографическая ссылка S. Gunther, M. Kuhn, M. Dunkel, M. Campillos, C. Senger, E. Petsalaki, J. Ahmed, E. G. Urdiales, A. Gewiess, L. J. Jensen, R. Schneider, R. Skoblo, R. B. Russell, P. E. Bourne, P. Bork, R. Preissner, Nucleic Acids Res., 2008, 36, D919, 922
Библиографическая ссылка Y. Y. Li, J. An, S. J. Jones, Genome Inform. Ser., 2006, 17, 239, 247
Библиографическая ссылка D. R. Flower, BioDrugs, 2009, 23, 231, 240
Библиографическая ссылка T. S. Mok, Q. Zhou, L. Leung, H. H. Loong, Expert Rev. Anticanc., 2010, 10, 1601, 1611
Библиографическая ссылка D. Gatherer, BMC Syst. Biol., 2010, 4, 22

Скрыть метаданые