| Автор | Warren, Gregory L. |
| Автор | Warren, Stephen D. |
| Дата выпуска | 2012 |
| ISBN | 978-1-84973-166-9 |
| dc.description | A long term goal of computation chemistry, as applied to drug discovery and design, has been to predict the free energy of binding between a ligand and its receptor. Historically, the successful prediction of ligand activity was done using QSAR. This chapter looks at the successes or failures of other methods that attempt to predict ligand affinity, including scoring functions (from docking programs), MM-PBSA/MM-GBSA, LIE, FEP and TI. While each method has strengths and weakness, no method can be routinely applied against a board range of pharmaceutical targe successfully. |
| Формат | application.pdf |
| Издатель | Royal Society of Chemistry |
| Название | Chapter 16. Scoring Drug-Receptor Interactions |
| Тип | other |
| DOI | 10.1039/9781849733410-00440 |
| Print ISSN | 2041-3203 |
| Журнал | Drug Design Strategies: Quantitative Approaches |
| Первая страница | 440 |
| Последняя страница | 457 |
| Аффилиация | Warren Gregory L.; OpenEye Scientific Software |
| Аффилиация | Warren Stephen D.; Department of Chemistry & Biochemistry |
| Библиографическая ссылка | N. Moitessier, P. Englebienne, D. Lee, J. Lawandi, C. R. Corbeil, Br. J. Pharmacol., 2008, 153, S7, S26 |
| Библиографическая ссылка | G. L. Warren, C. W. Andrews, A. Capelli, B. Clarke, J. LaLonde, M. H. Lambert, M. Lindvall, N. Nevins, S. F. Semus, S. Senger, G. Tedesco, I. D. Wall, J. M. Woolven, C. E. Peishoff, M. S. Head, J. Med. Chem., 2006, 49, 5912, 5931 |
| Библиографическая ссылка | D. Yusuf, A. M. Davis, G. J. Kleywegt, S. Schmitt, J. Chem. Inf. Model., 2008, 48, 1411, 1422 |
| Библиографическая ссылка | J. B. Cross, D. C. Thompson, B. K. Rai, J. C. Baber, K. Y. Fan, Y. Hu, C. Humblet, J. Chem. Inf. Model., 2009, 49, 1455, 1474 |
| Библиографическая ссылка | G. B. McGaughey, R. P. Sheridan, C. I. Bayly, J. C. Culberson, C. Kreatsoulas, S. Lindsley, V. Maiorov, J. Truchon, W. D. Cornell, J. Chem. Inf. Model., 2007, 47, 1504, 1519 |
| Библиографическая ссылка | D. M. Krueger, A. Evers, ChemMedChem, 2010, 5, 148, 158 |
| Библиографическая ссылка | N. Huang, B. K. Shoichet, J. J. Irwin, J. Med. Chem., 2006, 49, 6789, 6801 |
| Библиографическая ссылка | J. R. H. Tame, J. Comput.-Aided Mol. Des., 2005, 19, 445, 451 |
| Библиографическая ссылка | R. P. Sheridan, B. P. Feuston, V. N. Maiorov, S. K. Kearsley, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004, 44, 1912, 1928 |
| Библиографическая ссылка | K. Raha, M. B. Peters, B. Wang, N. Yu, A. M. Wollacott, L. M. Westerhoff, K. M. Merz Jr., Drug Discovery Today, 2007, 12, 725, 731 |
| Библиографическая ссылка | P. Gedeck, B. Rohde, C. Bartels, J. Chem. Inf. Model., 2006, 46, 1924, 1936 |
| Библиографическая ссылка | C. Yang, R. Wang, S. Wang, J. Med. Chem., 2006, 49, 5903, 5911 |
| Библиографическая ссылка | H. Gohlke, M. Hendlich, G. Klebe, Perspect. Drug Discovery Des., 2000, 20, 115, 144 |
| Библиографическая ссылка | P. Ferrara, H. Gohlke, D. J. Price, G. Klebe, C. L. Brooks III, J. Med. Chem., 2004, 47, 3032, 3047 |
| Библиографическая ссылка | R. A. Friesner, R. B. Murphy, M. P. Repasky, L. L. Frye, J. R. Greenwood, T. A. Halgren, P. C. Sanschagrin, D. T. Mainz, J. Med. Chem., 2006, 49, 6177, 6196 |
| Библиографическая ссылка | I. J. Enyedy, W. J. Egan, J. Comput.-Aided Mol. Des., 2008, 22, 161, 168 |
| Библиографическая ссылка | J. Tirado-Rives, W. L. Jorgensen, J. Med. Chem., 2006, 49, 5880, 5884 |
| Библиографическая ссылка | N. Foloppe, R. Hubbard, Curr. Med. Chem., 2006, 13, 3583, 3608 |
| Библиографическая ссылка | W. Jiang, B. Roux, J. Chem. Theory Comput., 2010, 6, 2559, 2565 |
| Библиографическая ссылка | Y. Deng, B. Roux, J. Chem. Theory Comput., 2006, 2, 1255, 1273 |
| Библиографическая ссылка | M. K. Gilson, H. Zhou, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 2007, 36, 21, 42 |
| Библиографическая ссылка | S. Chen, D. Zhao, Z. Yang, J. Comput. Chem., 2011, 32, 338, 348 |
| Библиографическая ссылка | N. Singh, A. Warshel, Proteins: Struct., Funct., Bioinf., 2010, 78, 1705, 1723 |
| Библиографическая ссылка | B. Kuhn, P. Gerber, T. Schulz-Gasch, M. Stahl, J. Med. Chem., 2005, 48, 4040, 4048 |
| Библиографическая ссылка | G. Yang, J. Trylska, Y. Tor, J. A. McCammon, J. Med. Chem., 2006, 49, 5478, 5490 |
| Библиографическая ссылка | S. P. Brown, S. W. Muchmore, J. Chem. Inf. Model., 2006, 46, 999, 1005 |
| Библиографическая ссылка | M. R. Lee, Y. Sun, J. Chem. Theory Comput., 2007, 3, 1106, 1119 |
| Библиографическая ссылка | D. C. Thompson, C. Humblet, D. Joseph-McCarthy, J. Chem. Inf. Model., 2008, 48, 1081, 1091 |
| Библиографическая ссылка | H. Fujitani, Y. Tanida, M. Ito, G. Jayachandran, C. D. Snow, M. R. Shirts, E. J. Sorin, V. S. Pande, J. Chem. Phys., 2005, 123, , 084108-1â 084108-5 |
| Библиографическая ссылка | B. P. Cossins, S. Foucher, C. M. Edge, J. W. Essex, J. Phys. Chem. B, 2008, 112, 14985, 14992 |
| Библиографическая ссылка | K. Raha, A. J. Van der Vaart, K. E. Riley, M. B. Peters, L. M. Westerhoff, H. Kim, K. M. Merz Jr., J. Am. Chem. Soc., 2005, 127, 6583, 6594 |
| Библиографическая ссылка | O. A. T. Donini, P. A. Kollman, J. Med. Chem., 2000, 43, 4180, 4188 |
| Библиографическая ссылка | I. D. Kuntz, K. Chen, K. A. Sharp, P. A. Kollman, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1999, 96, 9997, 10002 |
| Библиографическая ссылка | C. R. Sondergaard, A. E. Garrett, T. Carstensen, G. Pollastri, J. E. Nielsen, J. Med. Chem., 2009, 52, 5673, 5684 |
