| Автор | Tuttle, Tell |
| Дата выпуска | 2012 |
| ISBN | 978-1-84973-167-6 |
| dc.description | Quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) methodology has seen significant growth over the last couple of decades such that it is now considered as an established methodology within the the theoretical chemist's toolbox. The usefuleness of QM/MM methods in understanding mechanistic phenomena within the realm of enzymology is well represented in the literature. However, the application of this powerful method to other biologically relevant problems is less well explored. In particular this review focuses on the application of QM/MM methods to the established field of computational drug design. An initial discussion on the different approaches to using QM/MM methods within drug discovery is followed by an outline of the methodological aspects. Finally some key applications of QM/MM methods in the field of structure based drug design illuminate the important role that these methods play in both providing detailed information about binding interactions and the development of more accurate scoring protocols. |
| Формат | application.pdf |
| Издатель | Royal Society of Chemistry |
| Название | Chapter 1. Quantum Mechanical/Molecular Mechanical Approaches in Drug Design |
| Тип | other |
| DOI | 10.1039/9781849733403-00001 |
| Print ISSN | 2041-3203 |
| Журнал | Drug Design Strategies Computational Techniques and Applications |
| Первая страница | 1 |
| Последняя страница | 26 |
| Библиографическая ссылка | A. Warshel, M. Levitt, J. Mol. Biol., 1976, 103, 227, 249 |
| Библиографическая ссылка | T. C. Bruice, K. Kahn, Curr. Opin. Chem. Biol., 2000, 4, 540, 544 |
| Библиографическая ссылка | A. E. Cho, V. Guallar, B. J. Berne, R. Friesner, J. Comput. Chem., 2005, 26, 915, 931 |
| Библиографическая ссылка | M. J. Field, P. A. Bash, M. Karplus, J. Comput. Chem., 1990, 11, 700, 733 |
| Библиографическая ссылка | R. A. Friesner, M. D. Beachy, Curr. Opin. Struct. Biol., 1998, 8, 257, 262 |
| Библиографическая ссылка | R. A. Friesner, V. Guallar, Annu. Rev. Phys. Chem., 2005, 56, 389, 427 |
| Библиографическая ссылка | M. Garcia-Viloca, J. Gao, M. Karplus, D. G. Truhlar, Science, 2004, 303, 186, 195 |
| Библиографическая ссылка | M. P. Gleeson, D. Gleeson, J. Chem Inf. Model., 2009, 49, 670, 677 |
| Библиографическая ссылка | R. Lonsdale, K. E. Ranaghan, A. J. Mulholland, Chem. Commun., 2010, 46, 2354, 2372 |
| Библиографическая ссылка | S. Marti, M. Roca, J. Andres, V. Moliner, E. Silla, I. Tunon, J. Bertran, Chem. Soc. Rev., 2004, 33, 98, 107 |
| Библиографическая ссылка | L. C. Menikarachchi, J. A. Gascon, Curr. Top. Med. Chem., 2010, 10, 46, 54 |
| Библиографическая ссылка | G. Monard, K. M. Merz, Acc. Chem. Res., 1999, 32, 904, 911 |
| Библиографическая ссылка | A. J. Mulholland, Drug Discov. Today, 2005, 10, 1393, 1402 |
| Библиографическая ссылка | R. B. Murphy, D. M. Philipp, R. A. Friesner, J. Comput. Chem., 2000, 21, 1442, 1457 |
| Библиографическая ссылка | M. B. Peters, K. Raha, K. M. Merz, Curr. Opin. Drug Discov. Dev., 2006, 9, 370, 379 |
| Библиографическая ссылка | K. Raha, M. B. Peters, B. Wang, N. Yu, A. M. WollaCott, L. M. Westerhoff, K. M. Merz, Drug Discov. Today, 2007, 12, 725, 731 |
| Библиографическая ссылка | H. M. Senn, W. Thiel, Curr. Opin. Chem. Biol., 2007, 11, 182, 187 |
| Библиографическая ссылка | H. M. Senn, W. Thiel, Angew. Chem., Int. Ed. Engl., 2009, 48, 1198, 1229 |
| Библиографическая ссылка | M. W. van der Kamp, K. E. Shaw, C. J. Woods, A. J. Mulholland, J. R. Soc. Interface, 2008, 5, S173, S190 |
| Библиографическая ссылка | A. Warshel, Annu. Rev. Biophys. Biomolec. Struct., 2003, 32, 425, 443 |
| Библиографическая ссылка | F. Claeyssens, J. N. Harvey, F. R. Manby, R. A. Mata, A. J. Mulholland, K. E. Ranaghan, M. Schutz, S. Thiel, W. Thiel, H. J. Werner, Angew. Chem., Int. Ed. Engl., 2006, 45, 6856, 6859 |
| Библиографическая ссылка | R. Abagyan, M. Totrov, Curr. Opin. Chem. Biol., 2001, 5, 375, 382 |
| Библиографическая ссылка | C. B-Rao, J. Subramanian, S. D. Sharma, Drug Discov. Today, 2009, 14, 394, 400 |
| Библиографическая ссылка | N. Brooijmans, I. D. Kuntz, Annu. Rev. Biophys. Biomolec. Struct., 2003, 32, 335, 373 |
| Библиографическая ссылка | C. N. Cavasotto, N. Singh, Curr. Comput.-Aided Drug Des., 2008, 4, 221, 234 |
| Библиографическая ссылка | S. Cosconati, S. Forli, A. L. Perryman, R. Harris, D. S. Goodsell, A. J. Olson, Expert. Opin. Drug Discov., 2010, 5, 597, 607 |
| Библиографическая ссылка | W. F. de Azevedo, R. Dias, Curr. Drug Targets, 2008, 9, 1031, 1039 |
| Библиографическая ссылка | P. G. De Benedetti, F. Fanelli, Drug Discov. Today, 2010, 15, 859, 866 |
| Библиографическая ссылка | D. Douguet, Curr. Comput.-Aided Drug Des., 2008, 4, 180, 190 |
| Библиографическая ссылка | S. Grosdidier, J. Fernandez-Recio, Expert. Opin. Drug Discov., 2009, 4, 673, 686 |
| Библиографическая ссылка | D. Hecht, G. B. Fogel, Curr. Comput.-Aided Drug Des., 2009, 5, 56, 68 |
| Библиографическая ссылка | W. L. Jorgensen, Science, 2004, 303, 1813, 1818 |
| Библиографическая ссылка | J. Kirchmair, S. Distinto, D. Schuster, G. Spitzer, T. Langer, G. Wolber, Curr. Med. Chem., 2008, 15, 2040, 2053 |
| Библиографическая ссылка | D. B. Kitchen, H. Decornez, J. R. Furr, J. Bajorath, Nat. Rev. Drug Discov., 2004, 3, 935, 949 |
| Библиографическая ссылка | G. Klebe, J. Mol. Med., 2000, 78, 269, 281 |
| Библиографическая ссылка | Z. D. Konteatis, Expert. Opin. Drug Discov., 2010, 5, 1047, 1065 |
| Библиографическая ссылка | C. A. Lipinski, F. Lombardo, B. W. Dominy, P. J. Feeney, Adv. Drug Deliv. Rev., 1997, 23, 3, 25 |
| Библиографическая ссылка | C. A. Lipinski, F. Lombardo, B. W. Dominy, P. J. Feeney, Adv. Drug Deliv. Rev., 2001, 46, 3, 26 |
| Библиографическая ссылка | K. Loving, I. Alberts, W. Sherman, Curr. Top. Med. Chem., 2010, 10, 14, 32 |
| Библиографическая ссылка | P. D. Lyne, Drug Discov. Today, 2002, 7, 1047, 1055 |
| Библиографическая ссылка | T. J. Marrone, J. M. Briggs, J. A. McCammon, Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol., 1997, 37, 71, 90 |
| Библиографическая ссылка | J. S. Mason, A. C. Good, E. J. Martin, Curr. Pharm. Design, 2001, 7, 567, 597 |
| Библиографическая ссылка | V. Mohan, A. C. Gibbs, M. D. Cummings, E. P. Jaeger, R. L. DesJarlais, Curr. Pharm. Design, 2005, 11, 323, 333 |
| Библиографическая ссылка | C. R. Munteanu, E. Fernandez-Blanco, J. A. Seoane, P. Izquierdo-Novo, J. A. Rodriguez-Fernandez, J. M. Prieto-Gonzalez, J. R. Rabunal, A. Pazos, Curr. Pharm. Design, 2010, 16, 2640, 2655 |
| Библиографическая ссылка | C. Nantasenamat, C. Isarankura-Na-Ayudhya, V. Prachayasittikul, Expert. Opin. Drug Discov., 2010, 5, 633, 654 |
| Библиографическая ссылка | J. W. Pitera, Curr. Opin. Drug Discov. Dev., 2009, 12, 388, 396 |
| Библиографическая ссылка | T. T. Talele, S. A. Khedkar, A. C. Rigby, Curr. Top. Med. Chem., 2010, 10, 127, 141 |
| Библиографическая ссылка | A. Tropsha, Mol. Inf., 2010, 29, 476, 488 |
| Библиографическая ссылка | S. Vilar, G. Cozza, S. Moro, Curr. Top. Med. Chem., 2008, 8, 1555, 1572 |
| Библиографическая ссылка | W. P. Walters, M. T. Stahl, M. A. Murcko, Drug Discov. Today, 1998, 3, 160, 178 |
| Библиографическая ссылка | V. Zoete, A. Grosdidier, O. Michielin, J. Cell. Mol. Med., 2009, 13, 238, 248 |
| Библиографическая ссылка | G. H. Loew, H. O. Villar, I. Alkorta, Pharm. Res., 1993, 10, 475, 486 |
| Библиографическая ссылка | Y. Marrero-Ponce, M. Iyarreta-Veitia, A. Montero-Torres, C. Romero-Zaldivar, C. A. Brandt, P. E. Avila, K. Kirchgatter, Y. Machado, J. Chem Inf. Model., 2005, 45, 1082, 1100 |
| Библиографическая ссылка | I. Wallach, Drug Dev. Res., 2011, 72, 17, 25 |
| Библиографическая ссылка | M. Baroni, G. Costantino, G. Cruciani, D. Riganelli, R. Valigi, S. Clementi, Quant. Struct.-Act. Relat., 1993, 12, 9, 20 |
| Библиографическая ссылка | R. D. Cramer, D. E. Patterson, J. D. Bunce, J. Am. Chem. Soc., 1988, 110, 5959, 5967 |
| Библиографическая ссылка | M. Karelson, V. S. Lobanov, A. R. Katritzky, Chem. Rev., 1996, 96, 1027, 1043 |
| Библиографическая ссылка | G. E. Kellogg, S. F. Semus, D. J. Abraham, J. Comput.-Aided Mol. Des., 1991, 5, 545, 552 |
| Библиографическая ссылка | G. Klebe, U. Abraham, T. Mietzner, J. Med. Chem., 1994, 37, 4130, 4146 |
| Библиографическая ссылка | C. Bissantz, G. Folkers, D. Rognan, J. Med. Chem., 2000, 43, 4759, 4767 |
| Библиографическая ссылка | T. J. A. Ewing, S. Makino, A. G. Skillman, I. D. Kuntz, J. Comput.-Aided Mol. Des., 2001, 15, 411, 428 |
| Библиографическая ссылка | R. A. Friesner, J. L. Banks, R. B. Murphy, T. A. Halgren, J. J. Klicic, D. T. Mainz, M. P. Repasky, E. H. Knoll, M. Shelley, J. K. Perry, D. E. Shaw, P. Francis, P. S. Shenkin, J. Med. Chem., 2004, 47, 1739, 1749 |
| Библиографическая ссылка | T. A. Halgren, R. B. Murphy, R. A. Friesner, H. S. Beard, L. L. Frye, W. T. Pollard, J. L. Banks, J. Med. Chem., 2004, 47, 1750, 1759 |
| Библиографическая ссылка | I. Halperin, B. Y. Ma, H. Wolfson, R. Nussinov, Proteins: Struct., Funct. Genet., 2002, 47, 409, 443 |
| Библиографическая ссылка | G. M. Morris, D. S. Goodsell, R. S. Halliday, R. Huey, W. E. Hart, R. K. Belew, A. J. Olson, J. Comput. Chem., 1998, 19, 1639, 1662 |
| Библиографическая ссылка | I. Muegge, Y. C. Martin, J. Med. Chem., 1999, 42, 791, 804 |
| Библиографическая ссылка | M. Rarey, B. Kramer, T. Lengauer, G. Klebe, J. Mol. Biol., 1996, 261, 470, 489 |
| Библиографическая ссылка | M. L. Verdonk, J. C. Cole, M. J. Hartshorn, C. W. Murray, R. D. Taylor, Proteins: Struct., Funct. Genet., 2003, 52, 609, 623 |
| Библиографическая ссылка | R. X. Wang, Y. P. Lu, S. M. Wang, J. Med. Chem., 2003, 46, 2287, 2303 |
| Библиографическая ссылка | H. Claussen, C. Buning, M. Rarey, T. Lengauer, J. Mol. Biol., 2001, 308, 377, 395 |
| Библиографическая ссылка | G. Jones, P. Willett, R. C. Glen, A. R. Leach, R. Taylor, J. Mol. Biol., 1997, 267, 727, 748 |
| Библиографическая ссылка | A. R. Leach, J. Mol. Biol., 1994, 235, 345, 356 |
| Библиографическая ссылка | G. M. Morris, R. Huey, W. Lindstrom, M. F. Sanner, R. K. Belew, D. S. Goodsell, A. J. Olson, J. Comput. Chem., 2009, 30, 2785, 2791 |
| Библиографическая ссылка | C. W. Murray, C. A. Baxter, A. D. Frenkel, J. Comput.-Aided Mol. Des., 1999, 13, 547, 562 |
| Библиографическая ссылка | G. L. Warren, C. W. Andrews, A. M. Capelli, B. Clarke, J. LaLonde, M. H. Lambert, M. Lindvall, N. Nevins, S. F. Semus, S. Senger, G. Tedesco, I. D. Wall, J. M. Woolven, C. E. Peishoff, M. S. Head, J. Med. Chem., 2006, 49, 5912, 5931 |
| Библиографическая ссылка | N. Foloppe, R. Hubbard, Curr. Med. Chem., 2006, 13, 3583, 3608 |
| Библиографическая ссылка | N. Huang, M. P. Jacobson, Curr. Opin. Drug Discov. Dev., 2007, 10, 325, 331 |
| Библиографическая ссылка | B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, M. Karplus, J. Comput. Chem., 1983, 4, 187, 217 |
| Библиографическая ссылка | D. A. Case, T. E. Cheatham, T. Darden, H. Gohlke, R. Luo, K. M. Merz, A. Onufriev, C. Simmerling, B. Wang, R. J. Woods, J. Comput. Chem., 2005, 26, 1668, 1688 |
| Библиографическая ссылка | D. A. Pearlman, D. A. Case, J. W. Caldwell, W. S. Ross, T. E. Cheatham, S. Debolt, D. Ferguson, G. Seibel, P. Kollman, Comput. Phys. Commun., 1995, 91, 1, 41 |
| Библиографическая ссылка | M. Christen, P. H. Hunenberger, D. Bakowies, R. Baron, R. Burgi, D. P. Geerke, T. N. Heinz, M. A. Kastenholz, V. Krautler, C. Oostenbrink, C. Peter, D. Trzesniak, W. F. Van Gunsteren, J. Comput. Chem., 2005, 26, 1719, 1751 |
| Библиографическая ссылка | W. R. P. Scott, P. H. Hunenberger, I. G. Tironi, A. E. Mark, S. R. Billeter, J. Fennen, A. E. Torda, T. Huber, P. Kruger, W. F. van Gunsteren, J. Phys. Chem. A, 1999, 103, 3596, 3607 |
| Библиографическая ссылка | O. Acevedo, W. L. Jorgensen, Acc. Chem. Res., 2010, 43, 142, 151 |
| Библиографическая ссылка | P. L. Cummins, J. E. Gready, Theochem. J. Mol. Struct., 2003, 632, 247, 257 |
| Библиографическая ссылка | K. D. Dubey, R. P. Ojha, J. Biol. Phys., 2011, 37, 69, 78 |
| Библиографическая ссылка | B. M. Sattelle, A. Almond, J. Comput. Chem., 2010, 31, 2932, 2947 |
| Библиографическая ссылка | H. M. Senn, J. Kastner, J. Breidung, W. Thiel, Can. J. Chem.-Rev. Can. Chim., 2009, 87, 1322, 1337 |
| Библиографическая ссылка | T. Tuttle, J. Phys. Chem. A, 2009, 113, 11723, 11733 |
| Библиографическая ссылка | R. C. Walker, M. F. Crowley, D. A. Case, J. Comput. Chem., 2008, 29, 1019, 1031 |
| Библиографическая ссылка | J. Fanfrlik, A. K. Bronowska, J. Rezac, O. Prenosil, J. Konvalinka, P. Hobza, J. Phys. Chem. B, 2010, 114, 12666, 12678 |
| Библиографическая ссылка | A. Furstner, D. Kirk, M. B. Fenster, C. Aissa, D. De Souza, C. Nevado, T. Tuttle, W. Thiel, O. Muller, Chem.-Eur. J., 2007, 13, 135, 149 |
| Библиографическая ссылка | A. Khandelwal, V. Lukacova, D. Comez, D. M. Kroll, S. Raha, S. Balaz, J. Med. Chem., 2005, 48, 5437, 5447 |
| Библиографическая ссылка | T. Tuttle, W. Thiel, J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 7665, 7674 |
| Библиографическая ссылка | W. Kohn, L. J. Sham, Phys. Rev., 1965, 140, 1133, 1138 |
| Библиографическая ссылка | T. Tuttle, W. Thiel, Phys. Chem. Chem. Phys., 2008, 10, 2159, 2166 |
| Библиографическая ссылка | W. Weber, W. Thiel, Theor. Chem. Acc., 2000, 103, 495, 506 |
| Библиографическая ссылка | Q. Cui, M. Elstner, E. Kaxiras, T. Frauenheim, M. Karplus, J. Phys. Chem. B, 2001, 105, 569, 585 |
| Библиографическая ссылка | M. Elstner, D. Porezag, G. Jungnickel, J. Elsner, M. Haugk, T. Frauenheim, S. Suhai, G. Seifert, Phys. Rev. B, 1998, 58, 7260, 7268 |
| Библиографическая ссылка | G. D. Seabra, R. C. Walker, M. Elstner, D. A. Case, A. E. Roitberg, J. Phys. Chem. A, 2007, 111, 5655, 5664 |
| Библиографическая ссылка | M. P. Repasky, J. Chandrasekhar, W. L. Jorgensen, J. Comput. Chem., 2002, 23, 1601, 1622 |
| Библиографическая ссылка | M. Korth, M. Pitonak, J. Rezac, P. Hobza, J. Chem. Theory Comput., 2010, 6, 344, 352 |
| Библиографическая ссылка | D. Bakowies, W. Thiel, J. Phys. Chem., 1996, 100, 10580, 10594 |
| Библиографическая ссылка | M. J. Field, J. Comput. Chem., 2002, 23, 48, 58 |
| Библиографическая ссылка | L. Ridder, A. J. Mulholland, Curr. Top. Med. Chem., 2003, 3, 1241, 1256 |
| Библиографическая ссылка | U. Ryde, Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7, 136, 142 |
| Библиографическая ссылка | M. Freindorf, Y. H. Shao, T. R. Furlani, J. Kong, J. Comput. Chem., 2005, 26, 1270, 1278 |
| Библиографическая ссылка | D. Riccardi, G. H. Li, Q. Cui, J. Phys. Chem. B, 2004, 108, 6467, 6478 |
| Библиографическая ссылка | C. Sagui, T. A. Darden, Annu. Rev. Biophys. Biomolec. Struct., 1999, 28, 155, 179 |
| Библиографическая ссылка | A. Warshel, A. Papazyan, Curr. Opin. Struct. Biol., 1998, 8, 211, 217 |
| Библиографическая ссылка | T. Darden, D. York, L. Pedersen, J. Chem. Phys., 1993, 98, 10089, 10092 |
| Библиографическая ссылка | U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee, L. G. Pedersen, J. Chem. Phys., 1995, 103, 8577, 8593 |
| Библиографическая ссылка | P. Ewald, Ann. Phys., 1921, 369, 253, 287 |
| Библиографическая ссылка | J. L. Gao, C. Alhambra, J. Chem. Phys., 1997, 107, 1212, 1217 |
| Библиографическая ссылка | K. Nam, J. L. Gao, D. M. York, J. Chem. Theory Comput., 2005, 1, 2, 13 |
| Библиографическая ссылка | P. H. Hunenberger, J. A. McCammon, J. Chem. Phys., 1999, 110, 1856, 1872 |
| Библиографическая ссылка | W. Weber, P. H. Hunenberger, J. A. McCammon, J. Phys. Chem. B, 2000, 104, 3668, 3675 |
| Библиографическая ссылка | H. Alper, R. M. Levy, J. Chem. Phys., 1993, 99, 9847, 9852 |
| Библиографическая ссылка | D. Beglov, B. Roux, J. Chem. Phys., 1994, 100, 9050, 9063 |
| Библиографическая ссылка | J. W. Essex, W. L. Jorgensen, J. Comput. Chem., 1995, 16, 951, 972 |
| Библиографическая ссылка | F. S. Lee, A. Warshel, J. Chem. Phys., 1992, 97, 3100, 3107 |
| Библиографическая ссылка | I. G. Tironi, R. Sperb, P. E. Smith, W. F. Vangunsteren, J. Chem. Phys., 1995, 102, 5451, 5459 |
| Библиографическая ссылка | T. Benighaus, W. Thiel, J. Chem. Theory Comput., 2008, 4, 1600, 1609 |
| Библиографическая ссылка | D. Riccardi, P. Schaefer, Q. Cui, J. Phys. Chem. B, 2005, 109, 17715, 17733 |
| Библиографическая ссылка | D. Riccardi, P. Schaefer, Y. Yang, H. B. Yu, N. Ghosh, X. Prat-Resina, P. Konig, G. H. Li, D. G. Xu, H. Guo, M. Elstner, Q. Cui, J. Phys. Chem. B, 2006, 110, 6458, 6469 |
| Библиографическая ссылка | P. Schaefer, D. Riccardi, Q. Cui, J. Chem. Phys., 2005, 123 |
| Библиографическая ссылка | F. Maseras, K. Morokuma, J. Comput. Chem., 1995, 16, 1170, 1179 |
| Библиографическая ссылка | S. Humbel, S. Sieber, K. Morokuma, J. Chem. Phys., 1996, 105, 1959, 1967 |
| Библиографическая ссылка | S. Dapprich, I. Komaromi, K. S. Byun, K. Morokuma, M. J. Frisch, Theochem. J. Mol. Struct., 1999, 461, 1, 21 |
| Библиографическая ссылка | M. Svensson, S. Humbel, R. D. J. Froese, T. Matsubara, S. Sieber, K. Morokuma, J. Phys. Chem., 1996, 100, 19357, 19363 |
| Библиографическая ссылка | M. P. Gleeson, D. Gleeson, J. Chem Inf. Model., 2009, 49, 1437, 1448 |
| Библиографическая ссылка | Y. X. Lu, T. Shi, Y. Wang, H. Y. Yang, X. H. Yan, X. M. Luo, H. L. Jiang, W. L. Zhu, J. Med. Chem., 2009, 52, 2854, 2862 |
| Библиографическая ссылка | Y. X. Lu, Y. Wang, Z. J. Xu, X. H. Yan, X. M. Luo, H. L. Jiang, W. L. Zhu, J. Phys. Chem. B, 2009, 113, 12615, 12621 |
| Библиографическая ссылка | T. H. Rod, U. Ryde, J. Chem. Theory Comput., 2005, 1, 1240, 1251 |
| Библиографическая ссылка | U. Ryde, J. Comput.-Aided Mol. Des., 1996, 10, 153, 164 |
| Библиографическая ссылка | T. Vreven, K. S. Byun, I. Komaromi, S. Dapprich, J. A. Montgomery, K. Morokuma, M. J. Frisch, J. Chem. Theory Comput., 2006, 2, 815, 826 |
| Библиографическая ссылка | A. Furstner, D. Kirk, M. D. B. Fenster, C. Aissa, D. De Souza, O. Muller, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2005, 102, 8103, 8108 |
| Библиографическая ссылка | W. M. Morton, K. R. Ayscough, P. J. McLaughlin, Nature Cell Biol., 2000, 2, 376, 378 |
| Библиографическая ссылка | H. Li, A. D. Robertson, J. H. Jensen, Proteins: Struct. Func. Bioinf., 2005, 61, 704, 721 |
| Библиографическая ссылка | J. M. Word, S. C. Lovell, J. S. Richardson, D. C. Richardson, J. Mol. Biol., 1999, 285, 1735, 1747 |
| Библиографическая ссылка | K. Y. Burstein, A. N. Isaev, Theo. Chim. Act., 1984, 64, 397, 401 |
| Библиографическая ссылка | M. J. S. Dewar, W. Thiel, J. Am. Chem. Soc., 1977, 99, 4899, 4907 |
| Библиографическая ссылка | A. Goldblum, J. Comp. Chem., 1987, 8, 835, 849 |
| Библиографическая ссылка | A. D. Becke, Phys. Rev. A, 1988, 38, 3098, 3100 |
| Библиографическая ссылка | C. T. Lee, W. T. Yang, R. G. Parr, Phys. Rev. B, 1988, 37, 785, 789 |
| Библиографическая ссылка | F. Weigend, R. Ahlrichs, Phys. Chem. Chem. Phys., 2005, 7, 3297, 3305 |
| Библиографическая ссылка | R. Ahlrichs, M. Bär, M. Häser, H. Horn, C. Kölmel, Chem. Phys. Lett., 1989, 162, 165, 169 |
| Библиографическая ссылка | M. Häser, R. Ahlrichs, J. Comp. Chem., 1989, 10, 104, 111 |
| Библиографическая ссылка | H. Horn, H. Weiss, M. Häser, M. Ehrig, R. Ahlrichs, J. Comp. Chem., 1991, 12, 1058, 1064 |
| Библиографическая ссылка | O. Treutler, R. Ahlrichs, J. Chem. Phys., 1995, 102, 346, 354 |
| Библиографическая ссылка | C. L. Brooks, M. Karplus, J. Chem. Phys., 1983, 79, 6312, 6325 |
| Библиографическая ссылка | N. Foloppe, A. D. MacKerell, J. Comp. Chem., 2000, 21, 86, 104 |
| Библиографическая ссылка | A. D. MacKerell, N. K. Banavali, J. Comp. Chem., 2000, 21, 105, 120 |
| Библиографическая ссылка | A. D. MacKerell, D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, M. Karplus, J. Phys. Chem. B, 1998, 102, 3586, 3616 |
| Библиографическая ссылка | P. Sherwood, A. H. de Vries, M. F. Guest, G. Schreckenbach, C. R. A. Catlow, S. A. French, A. A. Sokol, S. T. Bromley, W. Thiel, A. J. Turner, S. Billeter, F. Terstegen, S. Thiel, J. Kendrick, S. C. Rogers, J. Casci, M. Watson, F. King, E. Karlsen, M. Sjovoll, A. Fahmi, A. Schafer, C. Lennartz, Theochem: J. Mol. Struct., 2003, 632, 1, 28 |
| Библиографическая ссылка | S. R. Billeter, A. J. Turner, W. Thiel, Phys. Chem. Chem. Phys., 2000, 2, 2177, 2186 |
| Библиографическая ссылка | M. L. Connolly, J. App. Cryst., 1983, 16, 548, 558 |
| Библиографическая ссылка | M. L. Connolly, Science, 1983, 221, 709, 713 |
| Библиографическая ссылка | R. S. Spolar, M. T. Record, Science, 1994, 263, 777, 784 |
| Библиографическая ссылка | S. Grimme, J. Comput. Chem., 2004, 25, 1463, 1473 |
| Библиографическая ссылка | S. Grimme, J. Comput. Chem., 2006, 27, 1787, 1799 |
| Библиографическая ссылка | J. P. McNamara, I. H. Hillier, Phys. Chem. Chem. Phys., 2007, 9, 2362, 2370 |
| Библиографическая ссылка | P. Jurecka, J. Cerny, P. Hobza, D. R. Salahub, J. Comput. Chem., 2007, 28, 555, 569 |
| Библиографическая ссылка | P. Jurecka, P. Hobza, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 15608, 15613 |
| Библиографическая ссылка | R. Lonsdale, J. N. Harvey, A. J. Mulholland, J. Phys. Chem. Lett., 2010, 1, 3232, 3237 |
| Библиографическая ссылка | A. E. Cho, D. Rinaldo, J. Comput. Chem., 2009, 30, 2609, 2616 |
