| Автор | Whitley, David C. |
| Дата выпуска | 2012 |
| ISBN | 978-1-84973-167-6 |
| dc.description | In ligandâ receptor binding it is generally accepted that molecular recognition takes place in a region near the molecular surface and involves both the three-dimensional shape of the surface and the distributions of certain properties on the surface. Consequently, molecular surfaces and surface properties have found extensive application in many aspects of in silico drug design, including virtual screening and the development of quantitative structureâ activity relationships, and often play a central role in questions related to molecular similarity. This chapter reviews the various ways in which molecular surfaces are modelled, the surface properties that have been studied and the methods that have been developed for their analysis and application. Several of these methods involve the local extrema of surface properties and a systematic procedure for analysing these through the Morse-Smale complex of the gradient vector field of the property is outlined. |
| Формат | application.pdf |
| Издатель | Royal Society of Chemistry |
| Название | Chapter 8. Analysing Molecular Surface Properties |
| Тип | other |
| DOI | 10.1039/9781849733403-00184 |
| Print ISSN | 2041-3203 |
| Журнал | Drug Design Strategies Computational Techniques and Applications |
| Первая страница | 184 |
| Последняя страница | 209 |
| Библиографическая ссылка | R. B. Corey, L. Pauling, Rev. Sci. Instrum., 1953, 24, 621 |
| Библиографическая ссылка | B. Lee, F. M. Richards, J. Mol. Biol., 1971, 55, 379 |
| Библиографическая ссылка | F. M. Richards, Ann. Rev. Biophys. Bioeng., 1977, 6, 151 |
| Библиографическая ссылка | J. Greer, B. L. Bush, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1978, 75, 303 |
| Библиографическая ссылка | P. Alard, S. J. Wodak, J. Comput. Chem., 1991, 12, 918 |
| Библиографическая ссылка | M. L. Connolly, J. Appl. Crystallogr., 1983, 16, 548 |
| Библиографическая ссылка | M. L. Connolly, J. Mol. Graph., 1993, 11, 139 |
| Библиографическая ссылка | M. F. Sanner, A. J. Olson, J.-C. Spehner, Biopolymers, 1996, 38, 305 |
| Библиографическая ссылка | H. Edelsbrunner, E. P. Mucke, ACM Trans. Graph., 1994, 13, 43 |
| Библиографическая ссылка | Y. N. Vorobjev, J. Hermans, Biophys. J., 1997, 73, 722 |
| Библиографическая ссылка | F. Eisenhaber, P. Argos, J. Comput. Chem., 1993, 14, 1272 |
| Библиографическая ссылка | A. Varshney, F. P. Brooks, IEEE Comput. Graph. Appl., 1994, 14, 19 |
| Библиографическая ссылка | S. L. Chan, B. O. Purisima, J. Comput. Chem., 1998, 19, 1268 |
| Библиографическая ссылка | T. J. Richmond, J. Mol. Biol., 1984, 178, 63 |
| Библиографическая ссылка | G. Perrot, B. Cheng, K. D. Gibson, J. Vila, K. A. Palmer, A. Nayeem, B. Maigret, H. A. Scheraga, J. Comput. Chem., 1992, 13, 1 |
| Библиографическая ссылка | V. Gogonea, E. Osawa, J. Comput. Chem., 1995, 16, 817 |
| Библиографическая ссылка | R. Fraczkiewicz, W. Braun, J. Comput. Chem., 1998, 19, 319 |
| Библиографическая ссылка | J. L. Pascual-Ahuir, E. Silla, J. Comput. Chem., 1990, 11, 1047 |
| Библиографическая ссылка | M. Gerstein, F. M. Richards, M. S. Chapman, M. L. Connolly, Intl. Tables Crystallogr., 2006, F, 539 |
| Библиографическая ссылка | T. Can, C.-I. Chen, Y.-F. Wang, J. Mol. Graph. Model., 2006, 25, 442 |
| Библиографическая ссылка | W. Chen, J. Zheng, Y. Cai, Comput.-Aid. Des., 2010, 42, 267 |
| Библиографическая ссылка | P. W. Bates, G. W. Wei, S. Zhao, J. Comput. Chem., 2007, 29, 380 |
| Библиографическая ссылка | H. Edelsbrunner, Discrete Comput. Geom., 1999, 21, 87 |
| Библиографическая ссылка | H.-L. Cheng, T. K. Dey, H. Edelsbrunner, J. Sullivan, Discrete Comput. Geom., 2001, 25, 525 |
| Библиографическая ссылка | N. Kruithof, G. Vegter, Comput.-Aid. Des., 2004, 36, 1075 |
| Библиографическая ссылка | H.-L. Cheng, X. Shi, Comput. Geom., 2009, 42, 196 |
| Библиографическая ссылка | M. Chavent, B. Levy, B. Maigret, J. Mol. Graph. Model., 2008, 27, 209 |
| Библиографическая ссылка | J. A. Grant, B. T. Pickup, J. Phys. Chem., 1995, 99, 3503 |
| Библиографическая ссылка | J. A. Grant, M. A. Gallardo, B. J. Pickup, J. Comput. Chem., 1996, 17, 1653 |
| Библиографическая ссылка | R. R. Gabdoulline, R. C. Wade, J. Mol. Graph., 1996, 14, 341 |
| Библиографическая ссылка | W. E. Lorensen, H. E. Cline, SIGGRAPH Comput. Graph., 1987, 21, 163 |
| Библиографическая ссылка | T. Heiden, T. Goetze, J. Brickmann, J. Comput. Chem., 1999, 14, 246 |
| Библиографическая ссылка | J.-D. Boissonnat, S. Oudot, Graph. Model., 2005, 67, 405 |
| Библиографическая ссылка | M. Henderson, Int. J. Bifur. Chaos Appl. Sci. Eng., 2002, 12, 451 |
| Библиографическая ссылка | N. Max, E. D. Getzhoff, IEEE Comput. Graph. Appl., 1988, 8, 42 |
| Библиографическая ссылка | B. S. Duncan, A. J. Olson, Biopolymers, 1993, 33, 219 |
| Библиографическая ссылка | S. E. Leicester, J. L. Finney, R. P. Bywater, J. Mol. Graph., 1988, 6, 104 |
| Библиографическая ссылка | J.-H. Lin, T. Clark, J. Chem. Inf. Model., 2005, 45, 1010 |
| Библиографическая ссылка | R. J. Morris, R. J. Najmanovich, A. Kahraman, J. M. Thornton, Bioinformatics, 2005, 21, 2347 |
| Библиографическая ссылка | D. W. Ritchie, G. J. L. Kemp, J. Comput. Chem., 1999, 20, 383 |
| Библиографическая ссылка | R. J. Morris, J. Mol. Graph. Model., 2005, 24, 356 |
| Библиографическая ссылка | K. M. Gorski, E. Hivon, A. J. Banday, B. D. Wandelt, F. K. Hansen, M. Reinecke, M. Bartelmann, ApJ., 2005, 622, 759 |
| Библиографическая ссылка | M. R. Calabretta, B. F. Roukema, Mon. Not. R. Astron. Soc., 2007, 381, 865 |
| Библиографическая ссылка | J. H. van Drie, J. Chem. Inf. Comp. Sci., 1997, 37, 38 |
| Библиографическая ссылка | W. Cai, X. Shao, B. Maigret, J. Mol. Graph. Model., 2002, 20, 313 |
| Библиографическая ссылка | W. Cai, M. Zhang, B. Maigret, J. Comput. Chem., 1998, 19, 1805 |
| Библиографическая ссылка | A. Kahraman, R. J. Morris, R. A. Laskowski, J. M. Thornton, J. Mol. Biol., 2007, 368, 283 |
| Библиографическая ссылка | L. Mak, S. Grandison, R. J. Morris, J. Mol. Graph. Model., 2008, 26, 1035 |
| Библиографическая ссылка | V. Venkatraman, L. Sael, D. Kihara, Cell Biochem. Biophys., 2009, 54, 23 |
| Библиографическая ссылка | R. Goldman, Comput. Aid. Geom. D., 2005, 22, 632 |
| Библиографическая ссылка | B. S. Duncan, A. J. Olson, Biopolymers, 1993, 33, 231 |
| Библиографическая ссылка | W. Heiden, J. Brickmann, J. Mol. Graph., 1994, 12, 106 |
| Библиографическая ссылка | J. Gasteiger, M. Marsili, Tetrahedron, 1980, 36, 3219 |
| Библиографическая ссылка | T. A. Halgren, J. Comput. Chem., 1996, 17, 490 |
| Библиографическая ссылка | J. W. Ponder, D. A. Case, Adv. Prot. Chem., 2003, 66, 27 |
| Библиографическая ссылка | J. P. P. Stewart, J. Comput.-Aid. Mol. Des., 1990, 4, 1 |
| Библиографическая ссылка | C. E. Whitehead, C. M. Brenneman, N. Sukumar, M. D. Ryan, J. Comput. Chem., 2003, 24, 512 |
| Библиографическая ссылка | N. A. Baker, Rev. Comput. Chem., 2005, 21, 349 |
| Библиографическая ссылка | B. Z. Lu, Y. C. Zhou, M. J. Holst, J. A. McCammon, Commun. Comput. Phys., 2008, 3, 973 |
| Библиографическая ссылка | P. Sjoberg, J. S. Murray, P. Politzer, Can. J. Chem., 1990, 68, 1440 |
| Библиографическая ссылка | B. Ehresman, B. Martin, A. H. C. Horn, T. Clark, J. Mol. Model., 2003, 9, 342 |
| Библиографическая ссылка | T. Clark, J. Mol. Model., 2010, 16, 1231 |
| Библиографическая ссылка | B. Martin, P. Gedeck, T. Clark, Int. J. Quant. Chem., 2000, 77, 473 |
| Библиографическая ссылка | E. Audry, J. P. Dubost, J. C. Colleter, P. Dallet, Eur. J. Med. Chem., 1986, 21, 71 |
| Библиографическая ссылка | J. L. Fauchere, P. Quarendon, L. Katterer, J. Mol. Graph., 1988, 6, 203 |
| Библиографическая ссылка | P. Gaillard, P.-A. Carrupt, B. Testa, A. Boudon, J. Comput.-Aid. Mol. Des., 1994, 8, 83 |
| Библиографическая ссылка | W. Heiden, G. Moeckel, J. Brickmann, J. Comput.-Aid. Mol. Des., 1993, 7, 503 |
| Библиографическая ссылка | P. Broto, G. Moreau, C. Vandycke, Eur. J. Med. Chem., 1984, 19, 71 |
| Библиографическая ссылка | A. K. Ghose, G. M. Crippen, J. Comput. Chem., 1986, 7, 565 |
| Библиографическая ссылка | A. K. Ghose, A. Pritchett, G. M. Crippen, J. Comput. Chem., 1988, 9, 80 |
| Библиографическая ссылка | V. N. Viswanadhan, A. K. Ghose, G. R. Revankar, R. K. Robins, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1989, 29, 163 |
| Библиографическая ссылка | P. Pixner, W. Heiden, H. Merx, G. Moeckel, A. Moller, J. Brickmann, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1994, 34, 1309 |
| Библиографическая ссылка | R. Jager, S. M. Cast, J. Brickmann, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2003, 43, 237 |
| Библиографическая ссылка | B. Ehresmann, M. J. de Groot, T. Clark, J. Chem. Inf. Model., 2005, 45, 1053 |
| Библиографическая ссылка | A. Bender, R. C. Glen, Org. Biomol. Chem., 2004, 2, 3204 |
| Библиографическая ссылка | P.-L. Chau, P. M. Dean, J. Mol. Graph., 1987, 5, 97 |
| Библиографическая ссылка | P. M. Dean, P.-L. Chau, J. Mol. Graph., 1987, 5, 152 |
| Библиографическая ссылка | P.-L. Chau, P. M. Dean, J. Comput.-Aid. Mol. Des., 1994, 8, 513 |
| Библиографическая ссылка | L. Mavridis, B. D. Hudson, D. W. Ritchie, J. Chem. Inf. Model., 2007, 47, 1787 |
| Библиографическая ссылка | W. Cai, J. Xu, X. Shao, V. Leroux, A. Beautrait, B. Maigret, J. Mol. Model., 2008, 14, 393 |
| Библиографическая ссылка | D. T. Manallack, J. Mol. Model., 2008, 14, 797 |
| Библиографическая ссылка | V. I. Perez-Nueno, V. Venkatraman, L. Mavridis, T. Clark, D. W. Ritchie, Mol. Info., 2010, 30, 151 |
| Библиографическая ссылка | M. Wagener, J. Sadowski, J. Gasteiger, J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 7769 |
| Библиографическая ссылка | S. Moro, M. Bacilieri, C. Ferrari, G. Spalluto, Curr. Drug Disc. Tech., 2005, 2, 13 |
| Библиографическая ссылка | N. Stiefl, K. Baumann, J. Med. Chem., 2003, 46, 1390 |
| Библиографическая ссылка | R. P. Sheridan, M. D. Miller, D. J. Underwood, S. K. Kearsley, Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36, 128 |
| Библиографическая ссылка | R. D. Brown, Y. C. Martin, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36, 572 |
| Библиографическая ссылка | A. Bender, H. Y. Mussa, G. S. Gill, R. C. Glen, J. Med. Chem., 2004, 47, 6569 |
| Библиографическая ссылка | H. J. Wolfson, I. Rigoutsos, IEEE Comput. Sci. Eng., 1997, 4, 10 |
| Библиографическая ссылка | J. Kerbosch, C. Bron, Commun. ACM., 1973, 16, 575 |
| Библиографическая ссылка | C.-D. Zachmann, W. Heiden, M. Schlenkrich, J. Brickmann, J. Comput. Chem., 1992, 13, 76 |
| Библиографическая ссылка | S. L. Lin, R. Nussinov, D. Fischer, H. J. Wolfson, Proteins: Struct., Funct. Bioinform., 1994, 18, 94 |
| Библиографическая ссылка | D. Fischer, S. L. Lin, H. L. Wolfson, R. Nussinov, J. Mol. Biol., 1995, 248, 459 |
| Библиографическая ссылка | B. B. Goldman, W. T. Wipke, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2000, 40, 644 |
| Библиографическая ссылка | B. B. Goldman, W. T. Wipke, Proteins: Struct., Funct., Genet., 2000, 38, 79 |
| Библиографическая ссылка | D. A. Cosgrove, D. M. Bayada, A. P. Johnson, J. Comput.-Aid. Mol. Des., 2000, 14, 573 |
| Библиографическая ссылка | S. J. Pickering, A. J. Bulpitt, N. Efford, N. D. Gold, D. R. Westhead, Comput. Chem., 2001, 26, 79 |
| Библиографическая ссылка | T. E. Exner, M. Keil, J. Brickmann, J. Comput. Chem., 2002, 23, 1176 |
| Библиографическая ссылка | T. E. Exner, M. Keil, J. Brickmann, J. Comput. Chem., 2002, 23, 1188 |
| Библиографическая ссылка | C. Hofbauer, H. Lohninger, A. Aszódi, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004, 44, 837 |
| Библиографическая ссылка | D. Zhang, M. Herbert, IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition, 1999, 2, 2524 |
| Библиографическая ссылка | E. Proschak, M. Rupp, S. Derksen, G. Schneider, J. Comput. Chem., 2008, 29, 108 |
| Библиографическая ссылка | A.-J. Jakobi, H. Mauser, T. Clark, J. Mol. Model., 2008, 14, 547 |
| Библиографическая ссылка | B. D. Hudson, D. C. Whitley, M. G. Ford, M. Swain, J. W. Essex, J. Mol. Model., 2008, 14, 49 |
| Библиографическая ссылка | D. D. Robinson, P. D. Lyne, W. G. Richards, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2000, 40, 503 |
| Библиографическая ссылка | F. A. Bulat, A. Toro-Labbe, T. Brink, J. S. Murray, P. Politzer, J. Mol. Model., 2010, 16, 1679 |
| Библиографическая ссылка | H. Edelsbrunner, J. Harer, A. Zomorodian, Discrete Comput. Geom., 2003, 30, 87 |
| Библиографическая ссылка | V. Natarajan, Y. Wang, P.-T. Bremer, V. Pascucci, B. Hamann, Comput. Aided Geom. D., 2006, 23, 495 |
| Библиографическая ссылка | W. Rheinboldt, Comp. Math. Applic., 1996, 32, 15 |
| Библиографическая ссылка | E. Krissinel, K. Henrick, Softw. Pract. Exper., 2004, 34, 591 |
| Библиографическая ссылка | J. Raymond, E. Gardiner, P. Willett, Comput. J., 2002, 45, 631 |
| Библиографическая ссылка | A. Nicholls, G. B. McGaughey, R. P. Sheridan, A. C. Good, G. Warren, M. Mathieu, S. W. Muchmore, S. P. Brown, J. A. Grant, J. A. Haigh, N. Nevins, A. N. Jain, B. Kelley, J. Med. Chem., 2010, 53, 3862 |
| Библиографическая ссылка | P. J. Ballester, W. G. Richards, Proc. R. Soc. A, 2007, 463, 1307 |
