| Автор | Jovic, Andreja |
| Автор | Takayama, Shuichi |
| Автор | Linderman, Jennifer J. |
| Дата выпуска | 2011 |
| ISBN | 978-1-84973-183-6 |
| dc.description | Multiple detailed mechanisms have been proposed to describe GPCR-mediated intracellular calcium oscillations and have been formulated as mathematical models. Here we describe phase-locking analysis, a qualitative test that can be used to evaluate those models. Phase-locking refers to the phenomenon whereby an oscillatory system synchronizes to a periodic input. In our experiments, single cells are subjected to square-wave pulses of ligand in a microfluidic device and calcium is imaged using the FRET probe YC3.60. Comparison of cell responses with model predictions gives insights into relevant biological mechanisms. We anticipate that phase-locking analysis will be useful in evaluating GPCR as well as other signalling pathways. |
| Формат | application.pdf |
| Издатель | Royal Society of Chemistry |
| Название | Chapter 24. Using Microfluidics, Real-time Imaging and Mathematical Modelling to study GPCR Signalling |
| Тип | other |
| DOI | 10.1039/9781849733441-00469 |
| Print ISSN | 2041-3203 |
| Журнал | G Protein-Coupled Receptors: From Structure to Function |
| Первая страница | 469 |
| Последняя страница | 488 |
| Аффилиация | Jovic Andreja; Biomedical Engineering Department |
| Аффилиация | Takayama Shuichi; Biomedical Engineering Department; Macromolecular and Materials Science Engineering |
| Аффилиация | Linderman Jennifer J.; Department of Chemical Engineering |
| Библиографическая ссылка | J. J. Linderman, J. Biol. Chem., 2009, 284, 5427, 5431 |
| Библиографическая ссылка | P. Bisegna, G. Caruso, D. Andreucci, L. Shen, W. Gurevich, H. E. Hamm, E. DiBenedetto, Biophys. J., 2008, 94, 3363, 3383 |
| Библиографическая ссылка | S. J. Bornheimer, M. R. Maurya, M. G. Farquhar, S. Subramaniam, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2004, 101, 15899, 15904 |
| Библиографическая ссылка | T. L. Kinzer-Ursem, J. J. Linderman, PloS Comput. Biol., 2007, 3, 84, 94 |
| Библиографическая ссылка | J. J. Saucerman, J. Zhang, J. C. Martin, L. X. Peng, A. E. Stenbit, R. Y. Tsien, A. D. McCulloch, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2006, 103, 12923, 12928 |
| Библиографическая ссылка | A. Atri, J. Amundson, D. Clapham, J. Sneyd, Biophys. J., 1993, 65, 1727, 1739 |
| Библиографическая ссылка | T. R. Chay, Y. S. Lee, Y. S. Fan, J. Theor. Biol., 1995, 174, 21, 44 |
| Библиографическая ссылка | K. S. R. Cuthbertson, T. R. Chay, Cell Calcium, 1991, 12, 97, 109 |
| Библиографическая ссылка | G. Dupont, C. Erneux, Cell Calcium, 1997, 22, 321, 331 |
| Библиографическая ссылка | Y. X. Li, J. Rinzel, J. Theor. Biol., 1994, 166, 461, 473 |
| Библиографическая ссылка | A. Politi, L. D. Gaspers, A. P. Thomas, T. Hofer, Biophys. J., 2006, 90, 3120, 3133 |
| Библиографическая ссылка | L. Glass, M. C. Mackey, J. Math. Biol., 1979, 7, 339, 352 |
| Библиографическая ссылка | A. Jovic, B. Howell, M. Cote, S. M. Wade, K. Mehta, A. Miyawaki, R. R. Neubig, J. J. Linderman, S. Takayama, PLoS Comput. Biol., 2010, 6, 12, e1001040 |
| Библиографическая ссылка | R. Jacob, J. E. Merritt, T. J. Hallam, T. J. Rink, Nature, 1988, 335, 40, 45 |
| Библиографическая ссылка | M. Prentki, M. C. Glennon, A. P. Thomas, R. L. Morris, F. M. Matschinsky, B. E. Corkey, J. Biol. Chem., 1988, 263, 11044, 11047 |
| Библиографическая ссылка | N. M. Woods, K. S. Cuthbertson, P. H. Cobbold, Nature, 1986, 319, 600, 602 |
| Библиографическая ссылка | M. S. Baptista, I. L. Caldas, Nonlinear Dyn., 1998, 17, 119, 139 |
| Библиографическая ссылка | M. R. Guevara, L. Glass, A. Shrier, Science, 1981, 214, 1350, 1353 |
| Библиографическая ссылка | R. F. Galán, N. N. Urban, Phys. Rev. Lett., 2005, 94, 158101 |
| Библиографическая ссылка | R. Wessel, Eigenmannia, Biophys. J., 1995, 69, 1880, 1890 |
| Библиографическая ссылка | S. Paliwal, C. J. Wang, A. Levchenko, HFSP J., 2008, 2, 251, 256 |
| Библиографическая ссылка | K. R. King, S. Wang, A. Jayaraman, M. L. Yarmush, M. Toner, Lab Chip, 2008, 8, 107, 116 |
| Библиографическая ссылка | A. Sawano, S. Takayama, M. Matsuda, A. Miyawaki, Dev. Cell, 2002, 3, 245, 257 |
| Библиографическая ссылка | S. Takayama, E. Ostuni, P. LeDuc, K. Naruse, D. E. Ingber, G. M. Whitesides, Nature, 2001, 411, 1016, 1016 |
| Библиографическая ссылка | A. Jovic, B. Howell, S. Takayama, Microfluid. Nanofluid., 2009, 6, 717, 729 |
| Библиографическая ссылка | P. Hersen, M. N. McClean, L. Mahadevan, S. Ramanathan, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2008, 105, 7165, 7170 |
| Библиографическая ссылка | G. M. Whitesides, E. Ostuni, S. Takayama, X. Y. Jiang, D. E. Ingber, Annu. Rev. Biomed. Eng., 2001, 3, 335, 373 |
| Библиографическая ссылка | J. C. McDonald, D. C. Duffy, J. R. Anderson, D. T. Chiu, H. Wu, O. J. Schueller, G. M. Whitesides, Electrophoresis, 2000, 21, 27, 40 |
| Библиографическая ссылка | J. N. Lee, X. Jiang, D. Ryan, G. M. Whitesides, Langmuir, 2004, 20, 11684, 11691 |
| Библиографическая ссылка | G. Mehta, M. J. Kiel, J. W. Lee, N. Kotov, J. J. Linderman, S. Takayama, Adv. Funct. Mater., 2007, 17, 2701, 2709 |
| Библиографическая ссылка | M. A. Unger, H. P. Chou, T. Thorsen, A. Scherer, S. R. Quake, Science, 2000, 288, 113, 116 |
| Библиографическая ссылка | N. Futai, W. Gu, J. W. Song, S. Takayama, Lab Chip, 2006, 6, 149, 154 |
| Библиографическая ссылка | W. Gu, X. Y. Zhu, N. Futai, B. S. Cho, S. Takayama, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2004, 101, 15861, 15866 |
| Библиографическая ссылка | S. M. Langelier, D. S. Chang, R. I. Zeitoun, M. A. Burns, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2009, 106, 12617, 12622 |
| Библиографическая ссылка | B. Mosadegh, C. H. Kuo, Y. C. Tung, Y. S. Torisawa, T. Bersano-Begey, H. Tavana, S. Takayama, Nat. Phys., 2010, 6, 433, 437 |
| Библиографическая ссылка | A. Miyawaki, Dev. Cell, 2003, 4, 295, 305 |
| Библиографическая ссылка | M. Akgoz, I. Azpiazu, V. Kalyanaraman, N. Gautam, FASEB J., 2004, 18, C257, C257 |
| Библиографическая ссылка | A. Miyawaki, J. Llopis, R. Heim, J. M. McCaffery, J. A. Adams, M. Ikura, R. Y. Tsien, Nature, 1997, 388, 882, 887 |
| Библиографическая ссылка | N. Mochizuki, S. Yamashita, K. Kurokawa, Y. Ohba, T. Nagai, A. Miyawaski, M. Matsuda, Nature, 2001, 411, 1065, 1068 |
| Библиографическая ссылка | Y. Nino, K. Hotta, K. Oka., PLoS ONE, 2010, 5, 2, e9164 |
| Библиографическая ссылка | V. Nikolaev, M. Bunemann, A. Hannawacker, M. J. Lohse, Naunyn Schmiedebergs Arch. Pharmacol., 2004, 369, R46, R46 |
| Библиографическая ссылка | J. R. Blinks, W. G. Wier, P. Hess, F. G. Prendergast, Prog. Biophys. Mol. Biol., 1982, 40, 1, 114 |
| Библиографическая ссылка | G. Grynkiewicz, M. Poenie, R. Y. Tsien, J. Biol. Chem., 1985, 260, 3440, 3450 |
| Библиографическая ссылка | K. R. Gee, K. A. Brown, W. N. U. Chen, J. Bishop-Stewart, D. Gray, I. Johnson, Cell Calcium, 2000, 27, 97, 106 |
| Библиографическая ссылка | A. E. Palmer, R. Y. Tsien, Nat. Protoc., 2006, 1, 1057, 1065 |
| Библиографическая ссылка | T. Nagai, S. Yamada, T. Tominaga, M. Ichikawa, A. Miyawaki, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2004, 101, 10554, 10559 |
| Библиографическая ссылка | S. Marino, I. B. Hogue, C. J. Ray, D. E. Kirschner, J. Theor. Biol., 2008, 254, 178, 196 |
| Библиографическая ссылка | S. M. Blower, H. Dowlatabadi, Int. Stat. Rev., 1994, 62, 229, 243 |
| Библиографическая ссылка | J. Sneyd, K. Tsaneva-Atanasova, V. Reznikov, Y. Bai, M. J. Sanderson, D. I. Yule, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2006, 103, 1675, 1680 |
| Библиографическая ссылка | H. Shirakawa, M. Ito, M. Sato, Y. Umezawa, S. Miyazaki, Biochem. Biophys. Res. Commun., 2006, 345, 781, 788 |
| Библиографическая ссылка | J. Goedhart, T. W. J. Gadella, J. R. Soc. Interface, 2009, 6, S27, S34 |
| Библиографическая ссылка | X. Luo, S. Popov, A. K. Bera, T. M. Wilkie, S. Muallem, Mol. Cell, 2001, 7, 651, 660 |
| Библиографическая ссылка | L. Chen, F. Azizi, C. H. Mastrangelo, Lab Chip, 2007, 7, 850, 855 |
| Библиографическая ссылка | B. Kuczenski, W. C. Ruder, W. C. Messner, P. R. LeDuc, PloS ONE, 2009, 4, 8 |
| Библиографическая ссылка | J. Olofsson, H. Bridle, J. Sinclair, D. Granfeldt, E. Sahlin, O. Orwar, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2005, 102, 8097, 8102 |
